X片、CT的基本原理是从阴级射线管发射出X射线。射线穿过人体后照射到胶片上的感光材料，因为人体不同组织对射线的吸收量不同导致照射到胶片上的射线量也不同，所以胶片上的感光材料发生光化学反应的程度也就不同，通过显影定影等处理后就得出了X光片。当然现在先进的机器已经用数字成像技术取代了感光胶片，成像更清晰，射线量也比以前少。
核磁共振成像的原理是：电流通过线圈产生磁场，通过调整电流大小和方向可以改变磁场强度和磁极方向，人体内的水分子由于电离作用具有一定的电磁性，在磁场作用下吸收能量产生共振，磁场消失时释放出吸收的能量而复原，不同组织含水量不同，吸收和释放的能量也不同，机器接收信号后通过计算机处理显示出图像。
由此可见，核磁共振过程中没有产生放射线，所以不对人体产生放射性损害。而且，磁共振发明的这几十年来没有发生过明显的对人体影响的报告。
X光为平面扫描，既从前后对人进行扫描，CT则为人的横断面扫描，相当于把人横着切成上下两断，看到它的断面。核磁共振是一种三维成像技术，从前后，上下，左右三个方面对人进行扫描。
X光片显示骨结构细节最好，核磁共振MRI软组织对比最好，CT介于两者之间，X光片，CT，MRI各有优势。MRI的贵一些。
CT和磁共振MR原理不同，关注的重点不同，在临床上的作用也不一样。核磁共振扫描MR可对人体各部位进行多角度、多平面成像，可以获得人体横断面、冠状面、矢状面及任何方向断面的图像。比CT有更高的分辨力（细节看得更清楚），能更具体地显示人体内的解剖组织及相邻关系，对于腰部、大腿的不适，MR可以清楚地分辨肌肉、肌腱、筋膜、脂肪等软组织结构，更好的发现问题。磁共振虽然也叫“核磁共振”，这个“核”指的是氢原子核，因为人体大约70%是由水组成的，人体各种器官和组织结构的含水量不同，发生病理改变时，水的含量与状态也会相应改变，每种特定的病理改变都有水的相应变化。而这种变化在不同序列会显示与正常组织不同的差异，这样，通过序列间对比，我们就可以知道具体发生了什么。原理是基于氢原子核，所以并无任何放射性，不用担心辐射。
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