首先，这个问题你可以参考武书连版本的大学排名，即：《挑大学 选专业 高考志愿填报指南）（中国统计出版社2013年版本），武书连版本的大学排名，是国内目前较为权威、较为得到社会广泛认可的大学排名。在该排名中，东南大学在全国纳入统计的350所大学之中排行第18名，江苏省全省第2名，仅次于南京大学。而东北大学则排42名，辽宁全省第2。
其次，从地理位置上来看，南京市位于长三角地区，是全国的经济中心，位置明显优于沈阳市。
2013年两校排名及其得分如下：
排名院校 总分 人才培养 科学研究
18 东南大学 73.09 35.50 37.59
42 东北大学 35.00 19.12 15.88
资料来源：《挑大学 选专业 2013高考志愿填报指南》（中国统计出版社2013年版）
腾讯教育频道： http://edu.qq.com/a/20130409/000218.htm#p=1
中南大学更好，该学校门槛相对更低点，招生规模和录取分数区间宽度更大，在国内，湖南的教育一直都是比较好的，也是一个人才辈出的风水宝地。中南大学位于湖南的省会长沙，在国内也是有二位数字的排名。不过每个人的情况不一样，选择学校的时候，首先肯定要看高考分数是否达标，其次地理位置也是比较重要的，比如说有些学生离家近的。最后也要看专业，每个学校的同一专业所占的排名和人们心中的评价是不一样的。
学校基本情况对比
在选择大学时，如果分数达标了，那么我们就要去了解所备选的学校的一个差异，那就需要先去了解各个备选学校的基本情况，然后就基本情况做下对比。比如学校的教师团队、开设的专业，在业界的评价，以及取得的一些教学成果等等，然后结合自己所要学的专业深入对比。
学校优势学科比较
学科对比方面，主要是选择自己所要学的学科进行一个比较。例如，就拿中南大学和东南大学比较，东南大学有11各学科入选双一流学科，数量远超中南大学的4个，国家一流本科专业所占的比例相差不多，所以从总体看，东南大学跟有优势。不过，在学科评估和双一流学科对比时，计算机科学与技术这个学科，东南大学的未进入A类学科，却入选了双一流学科名单。所以我们在天宝高考志愿的时候，也应该都看看学校的历史。
毕业生就业情况分析
现在都是互联网时代，高校以往的毕业生人数、本硕博毕业生数量、本科生升学率、出国留学率、协议就业率和就业的名企等等数据都是可以查询到的。对比备选报考的大学可以看出哪个学校更适合自己。
两所大学的学科水平NO.1南京理工大学
学校坐落于江苏省的省会城市南京市，是工信部、教育部与江苏省人民政府共建的全国重点大学，是“双一流 “211工程”“985工程优势学科创新平台”建设高校，入选“111计划”、卓越工程师教育培养计划等，素有“兵器技术人才摇篮”的美誉。
学校历经中国人民解放军军事工程学院、炮兵工程学院、华东工程学院、华东工学院、南京理工大学等阶段，从学校发展阶段看，具有军工的背景。
学校有南京校区、江阴校区和盱眙校区等三个校区，设有20个专业学院和72个本科专业。硕士点一级学科硕士学位授权点35个，专业学位授权类别19个；博士点一级学科博士学位授权点20个，专业学位授权类别2个，博士后博士后流动站16个，国家重点学科9个。具有20名专职院士。
南京理工大学的王牌专业主要包括：机械工程及自动化、化学工程与工艺、电子信息工程、自动化、材料科学与工程、测控技术与仪器、工商管理等，被誉为“国防七子”之一，为国家国防事业、民用军工创造了更多的成果。
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NO.2东北大学
东北大学坐落于辽宁省的省会城市沈阳市，是教育部直属的全国重点大学，是国家“双一流”建设高校，首批“211工程”和“985工程”重点建设高校，入选“强基计划 ”“2011计划”“111计划”等。
东北大学是一所老牌大学，始建于1923年4月，张学良将军曾任该校的校长。历经沈阳工学院、东北工学院、东北大学等阶段。
学校有沈阳南湖校区、沈阳浑南校区和东北大学秦皇岛分校等三个校区，设有22个学院（部）， 开设104个本科专业。硕士点学术学位授权一级学科36个，学术学位授权二级学科183个，专业学位授权类别15个；博士点学术学位授权一级学科24个，学术学位授权二级学科121个，专业学位授权类别5个，博士后科研流动站19个。国家重点学科一级学科3个，二级学科16个。有1名中国科学院院士和4名中国工程院院士。
作为工科名校的东北大学的王牌专业主要包括：冶金工程、自动化、公共事业管理、软件工程、材料科学与工程、计算机科学与技术、机械工程及自动化、安全工程、材料成型及控制工程、采矿工程等。
单纯从这个维度看的话，东北大学要略胜一筹，我感觉
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