如何将DNA进行绝对定量?

如何将DNA进行绝对定量?,第1张

首先想确定一下楼主说的DNA绝对定量的是?定量PCR,是分析某个样本中特定序列的数量。比如cDNA中某个片段的拷贝数。核算蛋白标定仪,如果这个指的是Biophotometer,测A260,A230,A280的话测的是DNA浓度,也就是说不管什么片段,不管什么长度,测出来的是总的DNA含量。如果说第二个,我现在想不到更好的方法,市场上有精度更高的NanoDrop仪器,也就是精度更高,原理是同样的,基于DNA在260nm和280nm波长吸收的峰值比来算的,至于楼主说的杂质,更多的是从DNA提纯的技术来解决的。你测的浓度准不准,在于你提纯做的怎么样。如果说的是第一个,那么目前技术已经有了,也就是Nanostring。测得的是样本中特定序列的拷贝数。注意是直接的测量而不是像定量PCR那样通过Ct值来推算。(声明:以下答案来源均来自NanoString Technologies, Inc. 如果有版权问题请联系我删答案,本人和NanoString Technologies, Inc.没有任何利益关系。)这个技术和基因芯片的概念类似,是通过芯片上的一个捕捉探针(capture probe)来捕捉你想测量的序列,(捕捉是通过碱基互补配对)。捕捉以后,会加入一个标记探针(reporter probe),这个标记探针也会互补结合你的目标序列。

Reporter Probe后面连了一个条形码(Barcode)目前这个条形码是六位,每个位置上有四种荧光标记物的选择,为了保证仪器能够更好的识别这个条形码,这个公司目前的广告是说一次可以同时测800个序列的拷贝数,实际还有更大的扩展空间。那么都结合上了以后接下来怎么办呢,因为DNA带负电,加上一个电场以后,因为捕捉探针是连在芯片上的,这些序列就会朝正极躺好,然后扫描一下,机器自己读一下有多少条形码就知道样本里实际的拷贝数有多少了。

HBV-DVA定量检测的单位copies/ml和国际单位IU/ml如何换算? 目前检验病毒的方法,除去血清培养基方法(HIV, CMV, HBV等病毒很难在培养基中分离检验),大致有三种:PCR (polymerase chain reaction 或RT-PCR等),为最常用的方法,很敏感,但误差大,价钱比较贵,通常单位用 copies/ml;bDNA (branched chain DNA assay), 也是目前常用的方法,敏感,常规化,结果比较稳定,价钱比较便宜,通常单位用 units/ml (pg/ml, fg/ml);NASBA (nucleic acid sequence-based amplification),不常用,很敏感,误差大,工时长,价钱最贵,通常单位用 units/ml (pg/ml, fg/ml);就HBVDNA而论,目前测验HBV DNA时通常要达到两个目的。一个是定性(qualitative),一个是定量(quantitative) 。HBVDNA定性的注重于HBVDNA的存在,它通常可以测到低于100copies/ml的病毒存在,定性通常只给阴性、阳性的结果。定量的着重于HBV DNA量存在的多少。通常用于定量的极限在0.1-5 pg/ml之间。国外常用 fg/ml 为单位。copies/ml 比 fg/ml, pg/ml 单位更小。关于 copies/ml, pg/ml, fg/ml的换算大致如下:1pg=10-12g=10-9 mg= 10-6ug= 10-3 ng= 103 fg,1 pg/ml = 283,000 copies/ml 。世界卫生组织生物统一化专家委员会, 为了统一方便计算. 最近规定设立了HBV DNA的WHO HBV国界标准, 单位为"国际单位/毫升--IU/mL. (The WHO HBV International Standard).这样HBV DNA可以从pg/mL, copies/mL, log copies/mL, log IU/mL统一为IU/mL. 大部分的SCI杂志都要求用IU/ml。拷贝是不规范的用法,可能中文杂志还能使用。如果要转换,须咨询试剂生产厂商,拷贝,一般专指DNA分子,一拷贝DNA就是一分子DNA,更形象的讲,一拷贝DNA就是一条DNA。因为病毒里一般只一条DNA,那么似乎可以认为一拷贝的DNA,就是一个病毒。这么讲来,IU肯定是不定值,而拷贝是恒定的。 而IU与拷贝之间的换算关系,不同的病毒,换算关系不一样。对于乙肝而言,1IU大概等于5个拷贝。至于有些公司称,他们公司的换算关系是1IU=1拷贝,这是不对的,但你一定要理解他们的无奈:因为国内PCR公司的定量标准,源于中检所,以前中检所的浓度单位是拷贝,而现在中检所的浓度单位跟国际接轨改成IU了。但是,一个公司的试剂盒,说明书是不能乱改的。说明书上以前的单位是拷贝,那么现在仍然只能写拷贝。但参考标准却是中检所的新标准。所以,国内现在的公司,如果浓度写拷贝的,实际上单位肯定是IU。在08年亚太肝病会议上 发表的新指南建议实用国际单位 1 IU/ml ≈ 5.6 copy/ml。所谓的International Unit,是为了统一各个检测方法而设定的单位。本身PCR检测的拷贝数是无法绝对定量的,可以理解为,为了统一标准,WHO制定标准物质,赋予其IU值,发放给各个PCR试剂厂商,如罗氏,Abbott,Qiagen等,让他们把各自检测结果和标准物质比较,从而得出各自的换算系数。比如分发的是1IU的标准物质,罗氏测的是2copy,那罗氏的换算系数是2(2copies=1 IU),雅培的是20copy,那雅培的就是20,所以,怎么可能这个转化系数是一样的呢??罗氏Taqman 48的转换系数为5.82,即1 IU=5.82copies,西门子VERSANT HBV DNA(即bDNA)为5.7,雅培Molecular为3.41。由此可见,各个方法的转换系数是不一样的。

拷贝/毫升,是生化检测里用于检查DNA复制状况的单位

NA的复制过程。

1、起始阶段:解旋酶在局部展开双螺旋结构的DNA分子为单链,引物酶辨认起始位点,以解开的一段DNA为模板,按照5'到3'方向合成RNA短链。形成RNA引物。

2、DNA片段的生成:在引物提供了3'-OH末端的基础上,DNA聚合酶催化DNA的两条链同时进行复制过程,由于复制过程只能由5'->3'方向合成,因此一条链能够连续合成,另一条链分段合成,其中每一段短链成为冈崎片段(Okazaki fragments)。

3、RNA引物的水解:当DNA合成一定长度后,DNA聚合酶水解RNA引物,补填缺口。

4、DNA连接酶将DNA片段连接起来,形成完整的DNA分子。

5、最后DNA新合成的片段在旋转酶的帮助下重新形成螺旋状。

DNA复制的特点:半保留复制、有一定的复制起始点、需要引物(primer)、双向复制、半不连续复制。


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