南京大学医学部 附属医院：鼓楼医院（三级甲等）
东南大学医学院（原铁道医学院） 附属医院：中大医院（三级甲等）
专业性医科大学，2所
南京医科大学 主要附属医院：江苏省人民医院（三级甲等）、南京医科大学附属第二医院（三级乙等）、江苏省肿瘤医院、南京市口腔医院、江苏省口腔医院、南京市脑科医院、南京市第一医院（三级甲等）、南京市儿童医院（三级甲等儿童医院）、江苏省妇幼保健医院
南京中医药大学 主要附属医院：江苏省中医院（三级甲等中医院）、江苏省第二中医院、南京市中医院（三级甲等中医院）
军队院校，1所
解放军第二军医大学南京军医学院（以培养军队医疗系统高级护理人员出名）
民办本三院校，2所
南京医科大学康达学院
南京中医药大学翰林学院
中国药科大学是药学类院校，没有医学类专业。
南京的医学类学校，在全国都只能算二流，要说实力谁弱谁强，无可比性，南医大应该是综合实力最强的，医学类学科门类全，附属医院多且医疗科研实力雄厚，但是南京大学医学部恐怕在基础医学和临床医学方面也不错。
而南京中医药大学则是中医学类院校，因为是国家中医药人才培养基地和留学生基地，因此在全国的影响力反而比南京医科大学大。
总的来说，学临床医学或基础医学，最佳是南医大和南大医学部，学中医，则是中医药大学，学药学，惟有中国药科大学！
两所大学都很好，如果一定要进行比较，也是要根据个人的理想和目标的设立来进行比较，两所高校的办学理念和情况都有些不同，只能是从以下几个情况来进行纵向比较，来进行对比。
一、两所高校都入选了2012教育部卓越医生培养计划，但它们的培养方向是不同的。
1、南京大学医学院：2012年入选教育部卓越医生培养计划中的拔尖创新人才培养计划，目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家。
2、南京医科大学：2012年入选教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校，承担的项目名称为五年制临床医学人才培养。
二、两所高校所涉及的专业是有所不同的。
1、南京大学医学院：现设临床医学（八年制）、临床医学（ 5+3一体化）和口腔医学（五年制）三个专业。
2、南京医科大学：学校设有26个本科专业，1个九年本硕博一贯制专业方向、3个“5+3”本硕一体化专业方向。
三、两所高校的学制有所不同。
1、南京大学医学院：1987年经教育部（原国家教委）批准重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。
2、南京医科大学：学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。
参考资料来源：百度百科-南京医科大学
参考资料来源：百度百科-南京大学医学院
参考资料来源：南京医科大学-学校简介
参考资料来源：南京大学医学院-关于我们
参考资料来源：百度百科-卓越医生教育培养计划
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