1、南京鼓楼医院
又是南京大学医学院附属鼓楼医院，创建于1892年，已经具有128年历史，目前为集医教研为一体的大型综合性三级甲等医院，也是全国较早的西医院之一。
2、江苏省人民医院，暨南京医科大学第一附属医院、江苏省临床医学研究院、江苏省红十字医院。江苏省妇幼保健院作为江苏省人民医院妇幼分院，实行一体化管理。
江苏省人民医院前身为1936年成立的江苏省立医政学院附设诊疗所。医院是江苏省属三级甲等综合性医院，担负着医疗、教学、科研、公益四项中心任务。
3、江苏省中医院（南京中医药大学附属医院）
创建于1954年10月，为全国首批成立的省级中医医院之一，首任院长叶橘泉为中科院学部委员。建院60多年来，
为适应社会需求，医院不断提高重危及疑难病症的诊治能力，加强中西医结合工作，综合实力显著增强，学术水平和诊疗能力不断提升，持续保持在全国中医系统的领先地位，现已成为全国著名具有浓厚文化底蕴的大型综合性三级甲等中医院。
综合性大学医学部，2所南京大学医学部 附属医院：鼓楼医院（三级甲等）
东南大学医学院（原铁道医学院） 附属医院：中大医院（三级甲等）
专业性医科大学，2所
南京医科大学 主要附属医院：江苏省人民医院（三级甲等）、南京医科大学附属第二医院（三级乙等）、江苏省肿瘤医院、南京市口腔医院、江苏省口腔医院、南京市脑科医院、南京市第一医院（三级甲等）、南京市儿童医院（三级甲等儿童医院）、江苏省妇幼保健医院
南京中医药大学 主要附属医院：江苏省中医院（三级甲等中医院）、江苏省第二中医院、南京市中医院（三级甲等中医院）
军队院校，1所
解放军第二军医大学南京军医学院（以培养军队医疗系统高级护理人员出名）
民办本三院校，2所
南京医科大学康达学院
南京中医药大学翰林学院
中国药科大学是药学类院校，没有医学类专业。
南京的医学类学校，在全国都只能算二流，要说实力谁弱谁强，无可比性，南医大应该是综合实力最强的，医学类学科门类全，附属医院多且医疗科研实力雄厚，但是南京大学医学部恐怕在基础医学和临床医学方面也不错。
而南京中医药大学则是中医学类院校，因为是国家中医药人才培养基地和留学生基地，因此在全国的影响力反而比南京医科大学大。
总的来说，学临床医学或基础医学，最佳是南医大和南大医学部，学中医，则是中医药大学，学药学，惟有中国药科大学！
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