巢式PCR通过两轮PCR反应，使用两套引物扩增特异性的DNA片断。第二对引物的功能是特异性的扩增位于首轮PCR产物内的一段DNA片断。 第一轮扩增中，外引物用以产生扩增产物，此产物在内引物的存在下进行第二轮扩增。从而提高反应的特异性。
由于巢式PCR反应有两次PCR扩增，从而降低了扩增多个靶位点的可能性（因为与两套引物都互补的引物很少）增加了检测的敏感性；又有两对PCR引物与检测模板的配对，增加了检测的可靠性。
巢式PCR反应：
巢式PCR通过两轮PCR反应，使用两套引物扩增特异性的DNA片断。第二对引物的功能是特异性的扩增位于首轮PCR产物内的一段DNA片断。
由于第二套引物位于第一轮PCR产物内部，而非目的片断包含两套引物结合位点的可能性极小，因此第二套引物不可能扩增非目的片断。这种巢式PCR扩增确保第二轮PCR产物几乎或者完全没有引物配对特异性不强造成的非特异性扩增的污染。
以上内容参考：百度百科-巢式PCR
巢式PCR（nested PCR），是指利用两套PCR引物（巢式引物）对进行两轮PCR扩增反应。在第一轮扩增中，外引物用以产生扩增产物，此产物在在内引物的存在下进行第二轮扩增。
由于巢式PCR反应有两次PCR扩增，从而降低了扩增多个靶位点的可能性（因为与两套引物都互补的引物很少）增加了检测的敏感性；又有两对PCR引物与检测模板的配对，增加了检测的可靠性。
一般应用于动物方面。如：病毒，梅毒螺旋体，HIV，肿瘤基因等
标准Protocol在此：http://www.zoology.ubc.ca/~alorch/konested.htm
此外，还引生出半巢式PCR，多重巢式PCR等等
巢式PCR（nest PCR），使用两对引物对目的基因进行扩增的一种PCR技术。首先在该基因起始密码子上游数百bp和终止密码子下游数百bp位置设置一对引物，这对引物由于可操控性大，可以将Tm值，引物结构等设置到最佳。或者可以通过软件自动分析，由机器给出引物序列。然后再在目的基因的准确位置设计第二对引物。在进行PCR时，先用第一对引物进行扩增，扩增后跑胶检测，如果此时跑胶已经可以检测出较好的条带，可以进行回收纯化，再将回收产物作为模板，用第二对引物进行第二轮扩增。如果第一轮产物跑胶时看不清楚条带，则可以将产物适当稀释，以此作为第二轮的模板进行扩增，一般在第一轮以低拷贝量存在的DNA通过第二轮的扩增都可以成功获得的。祝你成功。
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