由于蛋白酶来源丰富，除从动、植物中提取外，还可由细菌大量发酵生产，主要包括：胰凝乳蛋白酶、胰蛋白酶、尿激酶、链激酶、激肽释放酶、弹性蛋白酶、细菌蛋白酶、凝乳酶、木瓜或菠萝蛋白酶等。
菠萝蛋白酶：几乎含有所有的人体所需维生素；含有16种天然矿物质，能有效帮助消化吸收；丰富的维生素B能有效地滋养肌肤，防止皮肤干裂，滋润头发的光亮。
木瓜蛋白酶：木瓜里含有大量的维生素A，是已知水果中维生素A含量最高的水果。木瓜中维生素C的含量比苹果高出四十多倍，木瓜里含有大量的胡萝卜素、钙盐、蛋白酶、柠檬酶等。
催化蛋白质水解的酶类。种类很多，重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、组织蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草杆菌蛋白酶等。蛋白酶对所作用的反应底物有严格的选择性，一种蛋白酶仅能作用于蛋白质分子中一定的肽键，如胰蛋白酶催化水解碱性氨基酸所形成的肽键。蛋白酶分布广，主要存在于人和动物消化道中，在植物和微生物中含量丰富。由于动植物资源有限，工业上生产蛋白酶制剂主要利用枯草杆菌、栖土曲霉等微生物发酵制备。水解蛋白质肽键的一类酶的总称。按其水解多肽的方式，可以将其分为内肽酶和外肽酶两类。内肽酶将蛋白质分子内部切断，形成分子量较小的多肽。外肽酶从蛋白质分子的游离氨基或羧基的末端逐个将肽键水解，而游离出氨基酸，前者为氨基肽酶后者为羧基肽酶。按其活性中心和最适pH值，又可将蛋白酶分为丝氨酸蛋白酶、巯基蛋白酶、金属蛋白酶和天冬氨酸蛋白酶。按其反应的最适pH值，分为酸性蛋白酶、中性蛋白酶和碱性蛋白酶。工业生产上应用的蛋白酶，主要是内肽酶。
蛋白质的合成涉及到DNA的转录，RNA的翻译。如果单纯的只研究翻译过程，在氨基酸活化时起作用的是氨酰－tRNA合成酶，还有就是各种因子在起作用。各种蛋白酶（胃蛋白酶，胰蛋白酶，糜蛋白酶）和氨肽酶，羧肽酶都可引起蛋白质水解
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