主要是指染色体数量或结构异常，这是引起偶发性早期妊娠丢失最常见的原因，约50%的偶发性妊娠丢失都归因于此。孕妇流产的风险会随着既往流产次数的增加及母亲年龄的增加而增加。在复发性流产的夫妇中，约3%~5%具有一种重大的染色体重排，而这一数字在普通人群中约为0.7%，最常见的是平衡易位和倒位。配偶之一或双方都可能杂合或平衡组合对他们自身无影响的致命基因，但当其以纯合或不平衡状态被胚胎遗传时会导致妊娠丢失。
2。解剖因素
子宫解剖异常可以导致约15%~20%的妊娠丢失，常见的子宫解剖异常主要包括纵膈子宫、子宫内膜息肉、粘膜下子宫肌瘤、宫腔粘连、宫颈机能不全等。其中纵膈子宫是生育结局最差的子宫异常，同时也是与复发性流产相关的最常见子宫异常。
3。感染因素
妊娠期间，无论是全身性的感染或是生殖泌尿系统局部感染，都可能导致妊娠丢失的结局。在排除复发性流产的病因时，生殖道衣原体、支原体、分泌物检查就显得十分必要。
4。内分泌因素
常见与复发性流产相关的内分泌异常主要包括黄体功能不足、甲状腺功能异常、高泌乳素血症、胰岛素抵抗、高雄激素血症等。对于过度肥胖、消瘦、月经不规则的患者尤其要注意相关内分泌异常的筛查。
5。易栓症
是指一类可增加血栓栓塞性疾病风险的疾病，由于妊娠期间血液系统出现的特殊改变，导致高凝状态，导致血栓形成的可能性增加，出现在胎盘微小血管内，可能导致胚胎停育、妊娠期高血压疾病、胎盘早剥、胎儿生长受限等情况。易栓症主要分为遗传性和获得性两大类。其中最常见就是抗磷脂抗体综合征。
6。免疫因素
人体免疫系统就像是自身的防御系统，对于外来侵略物，免疫系统会自动清除，而胚胎有一半是来源于父亲，会受到免疫系统的排斥，但是在正常的免疫系统中，存在免疫耐受的机制，可以使胚胎在母亲体内健康地成长。如果免疫系统亢进，排斥外来物质能力提高，会导致胚胎受到排斥，导致自然流产的情况。甲状腺抗体、抗核抗体、抗精子抗体、抗卵巢抗体、抗子宫内膜抗体、NK细胞、B细胞等异常升高都意味着身体免疫系统亢进的可能。
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