指物质代谢过程中从开始物质A到最终产物X的中间各种反应而言。在反应A→B→C→D→…→X中B→C、C→D等都是中间代谢。中间代谢不是A→X的最短途径，多数是长途径迂回的反应系列。由于细胞内的其他物质或各种条件对中间阶段的酶可产生作用，因此可能调节A的消耗或X的生成速度，同时也能转换成为另外的途径。中间代谢在合成反应时需供给能量，而由异化反应释放出能量（如糖酵解生成ATP）等，所以物质代谢与能量代谢的联系和统一等是很重要的。作为研究手段，可有效地利用示踪物。
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