医院现为120交通事故、职工及城乡居民医疗保险、工伤、白内障复明手术定点医疗机构，全国首批分娩镇痛试点医院，与福建医科大学附属第一医院、厦门大学附属心血管病医院建立协作关系。承担本区域的医疗护理、医学教学、健康教育、卫生防疫、妇幼保健、抢险救灾、征兵体检等任务。
近年来，医院不断提升管理能力，加强科研教学工作，成为福建医科大学、厦门医学院教学医院。医院全体医护人员将持续秉承“将心比心，视病犹亲”的价值观，践行“用心打造健康，用爱呵护生命”的办院宗旨，坚守服务承诺，为人民群众的健康保驾护航。
福建医科大学附属医院分为直属附属医院和非直属附属医院，
一、直属附属医院：
福建医科大学附属协和医院、福建医科大学附属第一医院。、福建医科大学附属第二医院、福建医科大学附属第三医院（建设中）、福建医科大学附属口腔医院、福建医科大学附属平潭协和医院（建设中）。
二、非直属附属医院：
省立临床医学院（省立医院）、福总临床医学院（福州总医院）、 福建医科大学附属漳州市医院、福建医科大学附属泉州第一医院、福建医科大学附属三明第一医院、 福建医科大学附属龙岩第一医院、孟超肝胆医院、福建医科大学附属闽东医院。
福建医科大学附属南平第一医院、福建医科大学附属福州市第一医院、武警福建总队医院、福建医科大学附属宁德市医院、福建省妇幼保健院、福建省肿瘤医院。
三、福建医科大学附属医院三甲医院：
福建医科大学附属第一医院、福建医科大学附属协和医院、省立医院。
福建医科大学创建于1937年，前身为福建省立医学专科学校，是我国建校较早的医学院校之一。学校是一所以医为主，多学科协调发展，具有完整人才培养体系的福建省“双一流”建设高校，是福建省卫生人才培养中心、医学科学研究中心和医疗卫生服务中心。
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