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南京军区南京总医院神经内科是中国神经病学界建立最早的专科之一，其前身为1929年筹建的国民政府中央医院神经科。现为南京大学神经病学研究所、南京军区神经内科中心、国家药物临床试验基地，是南京大学医学院、第二军医大学、南方医科大学博士和硕士研究生培养学科，是南京总医院博士后招生学科。 学科在2007年和2011年被评为江苏省重点学科（实验室）。南京军区南京总医院神经内科每年成功救治来自全国各地的大量复杂疑难病例，形成了以脑血管病、神经血管介入、癫痫、痴呆、脑神经损伤康复、帕金森病和神经变性病等为主要特色的医疗技术优势。
南京军区南京总医院神经内科在国内神经内科系统率先引进并开展了脑血管病介入诊疗技术，拥有一流水平的脑血管介入专家队伍，并建立了国内神经内科系统首个脑血管介入中心，配置了首台DSA机。在颅内外动脉狭窄血管成型和支架置入术、动脉溶栓治疗、脑血管闭塞后再通等新技术方面均取得显著疗效。迄今为止治疗例数、技术难度和疗效均居国内领先水平。2005年被国家卫生部确定为“全国颈动脉和脑血管病介入诊疗培训基地”，已为全国各地医院培养了数百名脑血管介入人员，为脑血管病介入治疗新技术的迅速推广做出了重要贡献。同时科室建立了全军第一个卒中单元，开通了医院卒中绿色通道，将“时间就是大脑”的理念融贯于急性脑血管病救治的全过程，每年有千余名急性卒中患者在最短时间内进入卒中单元得到最佳治疗，有效降低了中风患者的致残率和致死率，取得良好的社会和经济效益。
南京军区南京总医院神经内科附设的神经电生理中心拥有一系列先进精密的诊疗设备，长年开展脑电图、睡眠脑电图、脑地形图、视频脑电、动态脑电图、肌电图、神经传导速度、诱发电位、感觉定量和生物反馈等多项检测，为神经肌肉疾病、神经变性疾病、脑神经损伤的诊断提供了重要的科学依据和良好的治疗指导。
南京军区南京总医院神经内科目前承担国家、军队、省市级各类基金课题20余项，获军队及省部级科技成果奖15项。近三年来在国际上发表SCI论文30余篇，在国内专业核心期刊发表论文200余篇，主编国际英文杂志，主编专著多本。受世界卒中组织的委托，每年主办一次国际脑血管病高峰论坛。
南京军区南京总医院神经内科率先创建了国内首个网络化、区域性的南京卒中注册系统，截至2009年初，已经入组5000余例脑血管病患者，成为东亚地区规模最大的脑血管病数
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