主要区别是，品种不同、形态特征不同、产地生境不同，具体如下：
一、品种不同
1、南柴胡
南柴胡一般指红柴胡，又名狭叶柴胡、南柴胡。是伞形目、伞形科、柴胡属、红柴胡种植物。
2、北柴胡
北柴胡，又名竹叶柴胡，硬苗柴胡，韭叶柴胡。是伞形目、伞形科、柴胡属、北柴胡种植物。
二、形态特征不同
1、南柴胡
多年生草本植物，高30-60厘米。主根发达，圆锥形，支根稀少，深红棕色，表面略皱缩，上端有横环纹，下部有纵纹，质疏松而脆。叶细线形，基生叶下部略收缩成叶柄，其他均无柄，叶缘白色，骨质，上部叶小，同形。 小伞形花序有花，花瓣黄色，舌片几与花瓣的对半等长，顶端2浅裂，花柱基厚垫状，宽于子房，深黄色，柱头向两侧弯曲；子房主棱明显，表面常有白霜。花期7-8月。
2、北柴胡
多年生草本植物，高可达85厘米。主根坚硬较粗大，棕褐色，茎表面有细纵槽纹，实心，基生叶倒披针形或狭椭圆形，顶端渐尖，基部收缩成柄，叶表面鲜绿色，背面淡绿色，常有白霜；茎顶部叶同形，复伞形花序，花序梗细，水平伸出，形成疏松的圆锥状；总苞片甚小，狭披针形，花瓣鲜黄色，上部向内折，中肋隆起，花柱基深黄色，果广椭圆形，棕色，9月开花，10月结果。
三、产地生境不同
1、南柴胡
生于干燥的草原及向阳山坡上，灌木林边缘，海拔160-2250米。分布于俄罗斯西伯利亚东部及西部、蒙古、朝鲜、日本。在中国的黑龙江、吉林、辽宁、河北等诸省广范分布。
2、北柴胡
生长于向阳山坡路边、岸旁或草丛中。常野生于较干燥的山坡、林缘、林中隙地、草丛及路旁。分布于中国东北、华北、西北、华东和华中各地。
以上内容参考 百度百科-南柴胡、百度百科-北柴胡
柴胡按性状不同，分别习称北柴胡及南柴胡。其实两者差别不大，主要就是产地不同，北柴胡产与山东、东北等地，南柴胡产于江苏四川等地，药性并没有很大差别。北柴胡，也叫竹叶柴胡、柴胡。南柴胡，也叫狭叶柴胡、红柴胡。两者均为伞形科植物，以根入药，有解表和里、升阳、疏肝解瘀之功效。由于两者植物形态非常相似，在生产上很容易混淆。市面上常用的多为北柴胡，其功用主要是退热、疏肝解郁、升阳气等。
北柴胡主根粗大、坚硬，外皮灰褐色或黑褐色，常有少数侧根。茎丛生或单生，上部多分枝，略成“之”形弯曲。茎基部无纤维状叶柄残基物。茎生叶倒披针形或狭椭圆形，中部叶倒披针形，有平行脉7～9条。叶宽6～16mm。复伞形花序，花鲜黄色。双悬果，宽椭圆形，左右扁平。分果瓣形似香蕉，凹凸或平凸，长2.5～3mm。双悬果椭圆形，长约3mm，宽1mm，侧面扁平，合生面收缩，表面棕褐色，略粗糙，悬果切面近半圆形，油管围绕胚乳四周，胚乳背面圆形，腹面平直，胚小，千粒重1.4g。
南柴胡主根圆锥形、较软，外皮红褐色。茎单一或2～3丛生，茎上部多回分枝成“之”形弯曲。茎基部有棕色或红色纤维状叶柄残基物。茎生叶及茎下部叶有长柄、条形或狭条形，有脉5～7条。叶宽3～7mm。复伞形花序，花黄色。双悬果椭圆状卵形，侧面略扁平，灰褐色，长2－3mm，宽1.5－1.8mm，合生面略收缩，5条果棱粗钝突出，悬果横切面近五边形，油管围绕胚乳四周，胚乳背面圆形，腹面平直，软骨质，胚小，千粒重1.3g。
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