肾脏内部的结构，可分为肾实质和肾盂两部分。
在肾纵切面可以看到，肾实质分内外两层：外层为皮质，内层为髓质。
肾皮质新鲜时呈淡红色,由一百多万个肾单位组成。每个肾单位由肾小体 和肾小管所构成，部分皮质伸展至髓质锥体间，成为肾柱。
肾髓质新鲜时呈红褐色，为10-20个锥体所构成。肾锥体在切面上呈三角形。锥体底部向肾凸面，尖端向肾门，锥体主要组织为集合管，锥体尖端称肾乳头，每一个乳头有10-20个乳头管，向肾小盏漏斗部开口。
在肾窦内有肾小盏，为漏斗形的膜状小管，围绕肾乳头。肾椎体与肾小盏相连接。每肾有7～8个肾小盏，相邻2～3个肾小盏合成一个肾大盏。每肾有2～3个肾大盏，肾大盏汇合成扁漏斗状的肾盂。肾孟出肾门后逐渐缩窄变细，移行为输尿管。
肾单位是肾脏结构和功能的基本单位。
肾小体包括肾小球和肾小囊。肾小体内有一个毛细血管团，称为肾小球，肾小球是个血管球。它由肾动脉分支形成。肾小球外有肾小囊包绕。肾小囊分两层，两层之间有囊腔与肾小管的管腔相通。
肾小管汇成集合管。若干集合管汇合成乳头管，尿液由此流入肾小盏。
肾筋膜分前后两层，包绕肾和肾上腺。由于肾筋膜在肾的下方开放，当出现肾周围的脂肪减少等情况使肾的支持力下降时，肾的移动度增大，容易向下移动，形成肾下垂或游走肾。又由于肾筋膜下端的开放，可向下通入直肠后隙，临床上可经直肠后隙注入空气，行腹膜后充气造影，以显示肾等器官的变化。
每个肾有100万个以上肾单位，是肾的结构与功能的基本单位。每个肾单位包括肾小体和肾小管两部分。根据肾小体在皮质内的位置，又分为表浅肾单位和髓旁肾单位。表浅肾单位髓袢短，仅达髓质外带；髓旁肾单位的髓袢长，可伸达乳头。从数量上看，前者为后者的7倍。肾小体由肾小球及肾球囊组成。肾小球由毛细血管丛组成，起源于入球小动脉，然后分4～5支，各支再分成毛细血管小叶，各小叶毛细血管汇集成一条出球小动脉；后者出肾小球后，又广泛分支，再成毛细血管网缠绕于肾小管外，其血流最后回流入小叶间静脉。肾球囊为包绕在血管球外面的凹陷的双层囊，外为壁层，内为脏层，之间为球囊腔。壁层细胞下面为肾小球周围基膜。肾小管分为近端小管、髓袢和远端小管。近端小管紧接肾小囊的尿极，分为两部分，第一段为近端小管曲部，第二段为近端小管直部，它构成髓袢降支的第一段。髓袢也称细段，为连于近端小管直部与远端小管直部之间的细直段。远端小管由远端小管直部和曲部构成。
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