北京妇科最好的有北京协和医院、北大人民医院妇科 、北医三院妇科、首都医科大学附属北京妇产医院、北大医院妇科等。
1、北京协和医院
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的大型三级甲等综合医院，是国家卫生计生委指定的全国疑难重症诊治指导中心，也是最早承担高干保健和外宾医疗任务的医院之一，以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。
2、北大人民医院妇科
妇科学科以妇科肿瘤、宫颈病变、盆底疾病，妇科内分泌、微创手术、超声诊断等为重点发展方向，年诊治门诊患者15万余人次，年住院患者5000余人次，外地患者占1/3以上，成立了妇科肿瘤中心、盆底疾病诊疗中心，在在卫生计生委临床学科评比中位居全国第二，国内有较大的影响力。
3、北医三院妇科
目前，北医三院妇产科已发展成为拥有病床近90张、年门诊量16万余、主任医师和副主任医师（含教授和副教授）30人、总的医护人员达150多名（其中拥有博士学位者近20名、硕士学位者8名）的集生殖内分泌、妇科、产科和计划生育的临床、教学和科研为一体的综合学科。
4、首都医科大学附属北京妇产医院
首都医科大学附属北京妇产医院 北京妇幼保健院是集医疗、教学、科研、预防、保健为一体，以诊治妇产科常见病、多发病和疑难病症为重点的国内知名的三级甲等妇产专科医院。其前身是直属中央卫生部的北京妇幼保健实验院，我国杰出的妇产学科奠基人林巧稚为北京妇产医院首任院长。
5、北大医院妇科
该院妇科是国家重点学科之一，具有先进的诊疗设备和高水平的医护人员，对于常见妇科疾病如子宫肌瘤、子宫内膜异位症、妇科内分泌疾病、盆腔炎症、女性尿失禁，以及常见妇科肿瘤，如卵巢癌、宫颈癌、子宫内膜癌、外阴癌等的手术及临床研究均有自己的特色，达到国内先进水平。
如果卵巢的是子宫内膜异位囊肿，又叫巧克力囊肿，可能会影响妊娠，不是手术影响，是内膜异位症影响妊娠，要做完手术看分期确定术后治疗方式。如果已婚，可以考虑穿刺囊肿后去生殖中心助孕。回复专家:河北医科大学第二医院-妇产科-石彬主任医师
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