在pcr反应过程中，要使用三个不同的温度变化，有变性，退火，扩增三个不同的反应阶段，而这三个反应需要的最适温度不同。具体设置如下：
1、变性反应温度的设置
当温度控制在90 °C以上时DNA会发生变性，双链DNA解链成单链。
2、退火反应温度的设置
当温度下降到50 °C的时候，DNA复性，两种引物通过碱基互补配对与两条单链DNA结合。
3、扩增反应温度的设置
当温度上升到72 °C左右时延伸，DNA 聚合酶在此时有最大活性，能够催化4 种脱氧核苷酸合成新的DNA链。
扩展资料：
PCR温度与时间的设置：
基于PCR原理三步骤而设置变性-退火-延伸三个温度点。在标准反应中采用三温度点法，双链DNA在90～95℃变性，再迅速冷却至40～60℃，引物退火并结合到靶序列上，然后快速升温至70～75℃，在Taq DNA聚合酶的作用下，使引物链沿模板延伸。
对于较短靶基因（长度为100～300bp时）可采用二温度点法，除变性温度外、退火与延伸温度可合二为一，一般采用94℃变性，65℃左右退火与延伸（此温度Taq DNA酶仍有较高的催化活性）。
复性的温度 PCR 扩增是否顺利的关键因素，通常在50-60℃之间。具体的温度主要由引物的Tm值决定。延伸温度绝大多数设定为72℃ 。如果复性的温度很高，可以将延伸温度和复性温度设置成同一温度，变成二步法PCR 。
变性步骤一般使用 30 秒钟，如果模板的 G+C 含量较高，或直接用细胞做模板，变性时间可适当延长。复性时间有 30 秒种一般是足够的。延伸时间由扩增产物的大小决定，一般采用 1kb 用 1 分钟来保证充足的时间。
参考资料来源：百度百科-PCR反应循环参数
PCR技术过程简介1.将目的基因与引物,以及耐高温的DNA聚合酶加入PCR扩增仪中.加热到90~95℃.让目的基因解旋.
2.降温至55~60℃,让引物与①中的DNA单链结合.
3.加热至70~75℃,让耐高温的DNA聚合酶工作,大量扩增目的基因.
七十至七十五摄氏度。反应的延伸温度一般选择在七十至七十五摄氏度之间，常用温度为七十二摄氏度。过高的延伸温度不利于引物和模板的结合。是指聚合酶链式反应，是扩增的一种方法，实验中很常用。包括高温变性、低温退火及适温延伸等几步反应。
延伸时间应该保证聚合酶可以完成扩增长度。另外一个考量是总延伸时间，也就是单位循环的延伸时间乘以循环数。超过一定循环数后效率会开始下降，而暴露在高温下的酶也有其寿命和保真效率的限制。因此依需要的前提下，循环数如果较多，延伸时间可以略微保守，而如果循环数不需太多，延伸时间也可以更加宽松，保证完全的扩增。
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