正常菌群的生理意义:正常菌群不仅与人体保持平衡状态，而且菌群之间也相互制约，以维持相对的平衡。在这种状态下，正常菌群发挥其营养、拮抗和免疫等生理作用。
正常菌群的病理意义:某些因素破坏了人体与正常菌群之间的平衡，正常菌群中各种细菌的数量和比例发生变化时，称为菌群失调。若菌群失调没有得到有效控制，出现临床症状，引起二重感染，称菌群失调症。
人体各部位的正常菌群，离开原来的寄居场所，进入身体的其他部位，或当机体有损伤和抵抗力降低时，原来为正常菌群的细菌也可引起疾病，因此称这些细菌为条件致病菌或机会致病菌。
生理作用
* 拮抗作用：正常菌群在生物体的特定部位生长后，对其他的菌群有生物拮抗的作用。产生这种生物屏障的往往是一些厌氧菌。正常菌群通过紧密与黏膜上皮细胞结出来占领位置，由于在这些部位数量很大，在营养竞争中处于优势，并通过自身代谢来改变环境的pH值或释放抗生素，来抑制外来菌的生长。
* 营养作用：正常菌群的存在影响着生物体的物质代谢与转化。如蛋白质、碳水化合物、脂肪及维生素的合成，胆汁的代谢、胆固醇的代谢及激素转化都有正常菌群的参与。
* 免疫作用：正常菌群的抗源刺激可以使宿主产生免疫，从而减少了本身的危害。已有实验表明，某些诱发的自身免疫过程具有抑癌作用。
宿生部位
* 皮肤：皮肤表面的微生物群落是人体的第一道屏障，主要有葡萄球菌、类白喉棒状杆菌、绿浓杆菌、丙酸杆菌。它们参与着皮肤细胞代谢，起到了免疫和自净的作用。
* 肠道：肠道的微生物生态系统很复杂，菌群生物量很庞大。在场的不同部位，由于pH值、营养状况的不同，群群的种类分布有很大的不同。多数的肠道菌群属共生类型，主要是厌氧菌，如双歧杆菌、尤杆菌、消化球菌等，数量恒定存在，具有合成维生素、蛋白质、生物拮抗等生理作用，起到保持宿主健康的作用。有一部分很少的致病菌在生理平衡状态是不会危害宿主的，但如果数量超出正常水平就会致病。还有一类是介于这两种类型之间的，如大肠杆菌、链球菌等，它们能产生毒素，具有生理作用和致病作用两方面。
* 阴道：阴道的生态系统常驻菌有乳杆菌、表皮葡萄球菌、大肠杆菌等。乳杆菌黏附在阴道黏膜上皮细胞上，可产生酸性生存环境，对大肠杆菌、类杆菌、金黄色葡萄球菌有拮抗作用，对于保护自身健康和胎儿在妊娠期的卫生有着重要的意义，是一道重要的生物屏障。
此外在外耳道、眼结膜、鼻咽腔、尿道等部位都会有正常菌群的分布。
菌群紊乱
生物体内多数组织器官都是无菌的，正常菌群中的细菌偶尔少量侵入这些部位是能被机体的自身免疫所应付的。但如果正常菌群与宿主间或正常菌群各菌种间的平衡被打破，就会出现菌群失调，致病作用就会显著，严重者引起二重感染。这种状况往往是由于长期大量使用抗生素、免疫抑制剂等外来因素引起的。
肠道菌群被称为是人体的“加油站”、“排污场”。越来越多的科学证据表明，一个良好的肠道菌群环境不仅有助于我们消化和吸收食物中的营养物质，更能够帮助我们的机体建立起正常的免疫力。
细菌肠道菌群是一个具有高度复杂性、多样性的群体，在我们胃肠道中约栖居着百万亿个菌株，总重高达1～2kg，其种类超过1000 种。下面，我们将带领大家走进肠道菌群的世界，共同了解肠道菌群的那些事儿。
肠道菌群有哪些种类
在人体消化道中，生存着不同的细菌、病毒、真菌及原虫等多种微生物，这些微生物共同组成人体肠道的微生态环境。肠道菌群可以主要分为共生菌、致病菌、中性菌三类。
1、共生菌： 也就是我们常说的所谓“益生菌”的范畴，他们的主要作用是协助胃肠道进行营养物质的分解、代谢、吸收和消化，同时这类菌群还有助于免疫功能的建立和完善，主要包括优杆菌、类杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌及消化球菌。
2、致病菌： 也就是我们普遍意义上理解中的“有害菌”，这类菌群是能够直接导致消化道疾病发生的菌类，在 健康 状态下，这类菌群在我们的肠道中比较少，因此不会表现出致病性，但在一定的条件下，例如：身体抵抗力下降或饮食不洁，摄入有害菌超标的食物时，就会导致疾病的发生，这类菌群主要包括韦氏梭菌、变形杆菌、葡萄球菌及假单胞菌等。
3、中性菌： 菌如其名，其作用介于共生菌和致病菌之间，在正常情况下，一定数量的中性菌是有益于肠道的消化、代谢的，但在一定条件下，中性菌可能在肠道中积累，使肠道中的某些毒素、腐败物质或者致癌物质的含量增加，从而导致疾病的发生。这一类菌群包括大肠埃希菌、乳杆菌、链球菌(屎球菌）及韦荣球菌等。
肠道菌群有哪些功能
肠道菌群的数量庞大，类型复杂，与人体形成了一种“互惠互利”的共生关系。它们的生长依赖于人体提供的丰富营养和相对安全环境，同时它们也在我们的体内形成了一套井井有条的工作网络，在维护人体身体 健康 ，促进人体正常发育等方面发挥着至关重要的作用。
1、生物拮抗作用 ：正常菌群是能够在人体肠道中某一特定部位“安家落户”，即黏附、定植和繁殖，这个时候，菌群就能够在定植的部位表面形成一层“菌膜屏障”，这层“菌膜屏障”就像是肠道表面的一层保护伞，对于流经消化道的外源性微生物（包括许多外源性病原体）形成了一种天然的隔绝，通过竞争、消化和分泌各种代谢产物和细菌素等，抵抗外源微生物定植和侵袭。
体内的正常菌群通过这种拮抗作用，抑制并排斥人体不慎食入的病原菌在肠道的“安家落户”，维持体内微生态的平衡状态，使人体免于感染致病菌。
2、营养作用 ：肠道菌群在我们的肠道中不仅扮演着“卫兵”的作用，同时还能够促进肠道组织的发育、参与肠道营养物质的代谢以及合成人体所需的重要营养物质。肠道细菌参与代谢，产生的短链脂肪酸，为肠道上皮细胞的生长发育提供营养支持，促进人体肠道上皮的生长与分化。
同时，肠道菌群还参与合成人体生长发育必需的氨基酸、维生素等，如 B 族维生素、维生素 K、烟酸、泛酸等。此外，肠道中微生物还能够能促进人体对钙、铁、镁、锌等多种离子的吸收，这些离子对于促进身体某些结构的生长与发育，如：骨骼、牙齿等，对体内氧的输送等有重要作用。
3、代谢作用 ：肠道菌群还能够为我们机体的某些代谢过程提供了重要的“催化剂”——酶类，通过发酵和降解多糖(淀粉、纤维素、半纤维素、胶质等)以及不能被宿主吸收的寡糖，产生一些短链脂肪酸，例如：乙酸、丙酸、丁酸等，这些脂肪酸都是宿主生长、增殖的能量和生化反应的重要底物。此外，肠道菌群还以其他各种各样的方式协助机体对于糖类、脂类、氨基酸、维生素、胆固醇以及诸多外来化合物的代谢。
4、免疫作用 ：肠道细胞发挥着类似皮肤的免疫屏障作用，阻止致病因素经过肠道时对机体造成损害，同时，肠道正常菌群发挥着刺激机体免疫系统发育、激活细胞免疫等作用。研究发现，肠道中的两大代表性有益菌“乳酸杆菌”和“双歧杆菌”，他们的活菌体和菌体中的一些成分（破碎液、发酵液）都能够起到增强机体免疫的作用。
此外，双歧杆菌能通过刺激免疫细胞产生重要的细胞因子白介素来促进我们机体内重要的免疫细胞——淋巴细胞的增殖、分化、成熟，增强免疫细胞的对病原体的杀伤力。
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正常菌群就是能够维持消化道正常消化吸收功能的菌群，有益菌群占主导。菌群失调症是有益菌群数量以及栖息遭到破坏，有害菌群占主导，此时容易引起畜禽腹泻等。消化道菌群失调症发生的主要原因包括饲料配方的突然改变，生活环境的突然改变，还有就是病毒或细菌感染导致。
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