南京大学医学部 附属医院：鼓楼医院（三级甲等）
东南大学医学院（原铁道医学院） 附属医院：中大医院（三级甲等）
专业性医科大学，2所
南京医科大学 主要附属医院：江苏省人民医院（三级甲等）、南京医科大学附属第二医院（三级乙等）、江苏省肿瘤医院、南京市口腔医院、江苏省口腔医院、南京市脑科医院、南京市第一医院（三级甲等）、南京市儿童医院（三级甲等儿童医院）、江苏省妇幼保健医院
南京中医药大学 主要附属医院：江苏省中医院（三级甲等中医院）、江苏省第二中医院、南京市中医院（三级甲等中医院）
军队院校，1所
解放军第二军医大学南京军医学院（以培养军队医疗系统高级护理人员出名）
民办本三院校，2所
南京医科大学康达学院
南京中医药大学翰林学院
中国药科大学是药学类院校，没有医学类专业。
南京的医学类学校，在全国都只能算二流，要说实力谁弱谁强，无可比性，南医大应该是综合实力最强的，医学类学科门类全，附属医院多且医疗科研实力雄厚，但是南京大学医学部恐怕在基础医学和临床医学方面也不错。
而南京中医药大学则是中医学类院校，因为是国家中医药人才培养基地和留学生基地，因此在全国的影响力反而比南京医科大学大。
总的来说，学临床医学或基础医学，最佳是南医大和南大医学部，学中医，则是中医药大学，学药学，惟有中国药科大学！
南京的出名的老中医都不错的。1.邹燕琴
南京市十大著名中医、江苏省中医院肾内科主任，擅长治疗中医肾病，急慢性肾功能衰竭等，在中医药领域具有领先水平。
2.朱秉宜
江苏省中医院肛肠科主任医师，朱秉宜从事肛肠专业近50年。他具有深厚的理论造诣和丰富的临床经验。擅长用中医药治疗痔疮、瘘管、肛裂、肛脓肿等肛门疾病。同时，创新的“切开挂线口对口引流”和“分段切除、结扎、注射”具有治疗彻底、创伤小、疗程短、无肛门功能障碍等优点。此外，还对慢性溃疡性结肠炎、肿瘤和便秘等结直肠疾病进行了深入研究。
3.夏桂成
南京名中医，夏桂成从事中医妇科医学工作近50年，擅长治疗不孕症、围绝经期综合征、子宫内膜异位症、痛经及各种月经病，素有“生观音”之称他提倡“月经周期及周期调节法”，可以解决包括月经周期在内的许多生殖道疼痛疾病。
4.诸方受
江苏省中医院高级专家，骨伤科主任医师，作为江苏省中医院中医骨伤科的创始人，诸方受在骨折和软组织损伤的治疗方面积累了丰富的临床经验，擅长中医骨伤科疑难杂病的内外治疗。临床用药注重辨证施治，提倡治疗新伤从血瘀开始，老伤以疏通经络为主。
5.杨桂云
南京市著名中医药专家，专业诊断和治疗不孕症、子宫内膜异位症、月经不调、痛经、习惯性流产、更年期综合征、子宫肌瘤、卵巢囊肿等疾病。
6.朱广家
南京最著名的中医之一，从事中医工作近40年，具有丰富的临床经验。在疑难杂病的诊治方面有着丰富的经验，尤其是在心悸、乏力、哮喘、口渴、骨质疏松、更年期综合征、代谢综合征等方面有着丰富的诊治经验。
7.刘永年
南京中医院全科内科主任医师，刘永年从事中医临床和科学研究50多年。擅长治疗萎缩性胃炎、神经症、血小板减少症等疑难内科疾病，以及类风湿性关节炎、干燥综合征、红斑狼疮等自身免疫性结缔组织病。
8.莫燕新
南京中医院肾内科主任医师，莫燕新擅长治疗消化系统和泌尿系统疾病，消补结合，扶正祛邪。在治疗常见病、多发病的基础上，致力于肾脏疾病的研究，确立了益肾调络法治疗慢性肾炎，采用补肾化瘀相结合的治疗方法，健体化瘀、益肾活血法治疗慢性肾脏病，取得了良好的疗效。
9丁义江
南京中医院肛肠科主任医师，丁义江是中国肛门直肠学会会长，也是南京著名的老中医，从事该专业已有40多年的历史。擅长痔疮、高位复杂性肛瘘、直肠脱垂、结肠炎、出口梗阻性便秘、结直肠肿瘤等疑难肛肠疾病的诊治。
10李七一
南京十大名医之一，提倡中西医结合，擅长病毒性心肌炎、高血压、冠心病、高粘血症的诊治。
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