董瑞院长精通于《内经》、《难经》、《脾胃论》、《诸病源候论》、《神农本草》、《伤寒杂病论》，《本草纲目》、《千金方》、《千金翼方》等古医籍。从事中西医结合研究呼吸病近三十年，几十年如一日坚持门诊、查房，累计接诊来自美国、日本、加拿大、港澳及国内三十余个省市肺纤维化、肺癌、哮喘病人近十余万人次，尤其在中医防治肺纤维化方面做了大量的工作。创建了北京肺纤维化研究所，参与了国家中医药管理局“十一五”肺纤维化重点专科筹备、组建工作，撰写了我国第一部中西医结合诊治肺纤维化专著，主持研发了“养阴益肺通络丸”、“仙芪扶阳固本丸”、“康益咳喘贴”等肺纤维化专业制剂，填补了我国中医防治肺纤维化领域的空白。创建了肺纤维化十位一体综合疗法，被中国中医科技开发交流中心面向全国推广科技成果，在全国举办学习班30余期，培养学员1000余人。肺纤维化科研成果2010年12月获得了中国中西医结合学会科学技术奖。在北京康益德中西医结合肺科医院创建了宾馆式的肺纤维化病区，床位达130张，并担任学科带头人。在中医研究肺纤维化方面提出了阴阳平衡学说为总纲，“维持人体阴阳平衡”、“调整人体阴阳平衡”、“调节人体阴阳平衡”为宗旨。确立了肺纤维化正气不足为本，佐证了“肺经”、“肺与大肠”在肺纤维化发病方面的因果关系。奠定了我国中医防治肺纤维化的理论基础。提出了中医让肺纤维化患者提高生存质量、提高生存率的科学观点，使肺纤维化患者看到了生的希望。临床经治肺纤维化患者达1万余人，取得了满意疗效。是国内最早提出让中医走向世界的专家之一，成功的让中医防治肺纤维化走进上海世博会，与荷兰、德国等多国达成中医防治肺纤维化的合作协议。
董瑞院长是卫生部呼吸病“冬病夏治”全国“十年百项”项目发明人，长期从事“冬病夏治”的研究，是中国“冬病夏治”专业委员会创建者和第一届主委。研制的中医“冬病夏治”膏药，获得国家药监械（准）字。在全国广泛用于临床。
董瑞院长还先后编著了《中西医结合诊治肺纤维化》、《中医冬病夏治学》、《军事环境与变态反应疾病》等专著四部。累计参与民盟中央、民盟北京市委、北京市政协组织的全国义诊、健康教育下乡活动二十余次。《健康报》、《人民政协报》、《人民日报》、《中国中医药报》、《北京晚报》等国内二十余家新闻媒体给予了专题报道。多次受到国家领导人接见和表扬。
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