针对各种自身免疫性疾病的临床实验室常用检测项目包括三类：1、自身抗体，2、常规检查，包括一般免疫功能、三大常规， 3、组织器官特异性功能指标。其中最主要的是各种自身抗体：
一、抗细胞核抗体
抗核抗体（ANA）：是一种非常敏感的检测指标，对于各种自身免疫性结缔组织病的敏感性几乎为100%。但其特异性差，因此，主要用于自身免疫性疾病的筛查。ANA的检测方法主要是以HEP-2细胞和鼠的肝组织为基质的间接免疫荧光法，其最大优势就是除了能够判断血清中是否存在自身抗体及其滴度，而且能够对自身抗体进行初步分类，这对于区分疾病有一定意义。如均质型可能是SLE或药物性狼疮等；核仁型可能是硬皮病；核膜型和多核点型可能是PBC；着丝点型可能是硬皮病的局限型，也可能是PBC；颗粒型则可能是各种自身免疫性结缔组织病。当然，这只是根据经验作出的初步判断，尚不能做出定论。ANA只能作为筛选实验，阳性时，一定要进行下一步的实验检测。
临床实验室
抗dsDNA抗体：该抗体可能是ANA中的均质型或是ANA阴性。最近研究发现，也可能是颗粒型或核仁型。其靶抗原为dsDNA，是SLE的特异性指标，特异性可达95%以上，已被列入SLE的诊断标准之一。而且，该抗体会在SLE出现明显症状之前几年就呈现阳性，因此，可以作为SLE的早期预测指标。但该抗体诊断的敏感性较低，多见于活动期的SLE，阳性率为70%-90%，因此，阴性时并不能排除SLE。目前已经明确，该抗体参与SLE的发病。
抗Sm抗体：该抗体是ANA中的粗颗粒型，通常伴随抗U1RNP抗体而出现，基本不单独出现。靶抗原为snRNP，亦是SLE的特异性指标，特异性可达99%，而且能够反映疾病的活动度，另外，也可以作为SLE的早期预测指标。该抗体敏感性更低，阳性率约为20%。阴性时也不能排除SLE。
抗U1RNP抗体：该抗体是ANA中的粗颗粒型，靶抗原为核糖核蛋白。是混合结缔组织病（即SHARP综合征）较为特异的抗体，是该病的诊断指标之一。但该抗体也可出现于SLE、干燥综合症等类风湿性结缔组织病。
抗SSA（Ro）抗体和抗SSB（La）抗体：此两种抗体是ANA中的细颗粒型，但在IIF检测中也常为阴性。靶抗原分别是60和58KD的SSA蛋白和48KD的SSB蛋白。此两种抗体是干燥综合征的诊断指标之一。在原发性干燥综合征的阳性率可达到88%-96%和71%-87%。此外，亦可以出现于RA、SLE、新生儿狼疮伴先天性心脏传导阻滞、PBC等。 临床实验室
抗核点抗体：分少核点型（1-5）和多核点型（5-20），前者靶抗原是p80盘曲蛋白，后者靶抗原是Sp100和PML。少核点型多见于进行性系统性硬化症、干燥综合征，也可见于SLE和PBC等。多核点型常与AMA并存，多见于PBC，特别是对于AMA阴性的PBC患者更有临床意义。
抗核膜抗体：又称抗核周因子抗体，靶抗原是核孔复合物（包括gp210和核孔蛋白p62）和板层素B受体。该抗体在PBC中亦具有较高的阳性率，此外抗板层素B受体抗体也可见于自身免疫性肝炎、抗磷脂综合征及SLE等。抗gp210抗体和核孔蛋白p62抗体对于判断PBC预后具有重要意义，前者阳性常提示PBC有向肝衰竭发展的危险性。
抗着丝点抗体：其靶抗原是着丝点蛋白CENP-A、CENP-B和CENP-C。该抗体与硬皮病局限型密切相关，患者常表现为CREST综合征，即钙化症、雷诺现象、食管运动障碍、硬指（趾）症及毛细血管扩张。该抗体在PBC中亦较为常见，可以为PBC提供预后信息。此外，该抗体还见于SLE等疾病。
抗SCL-70抗体：该抗体是ANA中的核仁型，其靶抗原是拓扑异构酶Ⅰ。该抗体是硬皮病弥漫型较为特异的抗体，并常预示着预后不良。此外该抗体也可出现与多发性肌炎、IgA肾病等患者。
抗原纤维蛋白抗体、抗PM-SCL抗体和抗RNA多聚酶抗体：此三者抗体均多为ANA中的核仁型。抗原纤维蛋白抗体的靶抗原是U3nRNP，抗PM-SCL抗体的靶抗原是核仁中的颗粒成分，抗RNA多聚酶抗体是RNA多聚酶Ⅰ和Ⅲ。此三种抗体在硬皮病中亦较为常见，亦可见于多发性肌炎等疾病。
临床实验室
抗增殖细胞核抗原抗体：其靶抗原是参与DNA复制的一种辅助蛋白。是SLE的特异性抗体，但敏感性很低，在平时检测中很少见，也很少见于其他疾病。
此外还有抗中心粒抗体、抗纺锤体抗体、抗核仁形成中心抗体、抗Ku抗体、抗Mi1及Mi2抗体、抗分离带抗体等等，但这些抗体的临床意义尚不清楚或尚缺乏特异性。
二、抗细胞浆
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