我们普通人做的基因鉴定，只是判定一部分重要等位基因是否一部分来自父亲，而一部分来自母亲。实际上，特别是在同一地区的人类群体来说，许多等位基因并非某一个个体所独有，这就导致了即便所有等位基因都可以在父亲和母亲的基因组中找到，却仍然可以“假设这组基因是来自他人的”。但只要有复数组等位基因的不符合父亲或母亲，即可否定亲子关系（不考虑变异的情况下，一组即可）。
另外，重要的等位基因仍然不排除在形成精子的情况下发生多次变异的可能性，而卵子变异的可能性相对小。所以认定父子关系的可能性也会在微妙地程度上变小一点。
实际上，鉴定亲子关系时都会参考最终结果的亲权概率，精密而严谨的亲子鉴定一般是达到99.9%，但也有些鉴定会有误差，超过85%就可以认定父子关系了（至少在法庭上拿出来法官都会认可）。
一个人有23对（46条）染色体，如果有3个以上的位点不同，则可排除亲子关系，有一两个位点不同，则应考虑基因突变的可能（比例为1.4%），加做一些位点的检测进行辨别，大部分的美国法庭接受大于90%或然率作为生父证明的证据。而我国，如果孩子与其父母亲的位点都吻合，会得出亲权关系大于99．99%的可能性，即证明他们之间的血缘亲子关系。脱氧核糖核酸（deoxyribonucleic acid，缩写为DNA）又称去氧核糖核酸，是一种分子，双链结构，由脱氧核糖核苷酸（成分为：脱氧核糖、磷酸及四种含氮碱基）组成。可组成遗传指令，引导生物发育与生命机能运作。
带有遗传讯息的DNA片段称为基因，其他的DNA序列，有些直接以自身构造发挥作用，有些则参与调控遗传讯息的表现。组成简单生命最少要265到350个基因。
DNA（脱氧核糖核酸）是人身体内细胞的原子物质。每个原子有46个染色体，另外，男性的精子细胞和女性的卵子，各有23个染色体，当精子和卵子结合的时候。这46个原子染色体就制造一个生命，因此，每人从生父处继承一半的分子物质，而另一半则从生母处获得。
简单的理解，亲子鉴定生物学父亲就是常说的亲生父亲，孩子的dna遗传于他。（另外如试管婴儿，生物学父亲就是提供精子的一方）。《婚姻法司法解释三》第二条 明确规定亲子关系诉讼中一方当事人拒绝鉴定将导致法院推定另一方主张成立的法律后果。亲子关系诉讼属于身份关系诉讼，主要包括否认婚生子女和认领非婚生子女的诉讼，即否认法律上的亲子关系或承认事实上的亲子关系。
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