人的粪便是臭的，主要是由于人类吃的食物，是因为蛋白等食物在分解后产生的硫化氢、吲哚等具有特殊气味的物质，在较高的浓度下表现为臭味，和微生物的活动关系密切。
粪便含有的物质相当丰富，粪便是人体消化吸收剩余的食物残渣，不过人类对食物的消化效率只在20%左右，所以尽管粪便和食物的物理外观性质差别很大，粪便却仍含有十分丰盛的营养物质，可以成为微生物、食腐动物的食物来源；除了食物残渣，还有肠道脱落的细胞，由于肠胃中强碱强酸环境对自身组织的消耗也较为严重，所以粪便中也含有很多细胞碎片，加上食物中含有的、肠道中寄居的微生物。
所以粪便的性质主要是食物中无法吸收的物质残渣、脱落的细胞、肠胃分泌的消化液、微生物等。但毕竟食物残渣是经过肠胃道消化处理的，虽然有不少物质人体无法吸收，但是也被打散成更小的分子物质，肠道中会产生氨气、硫化氢等带有气味的气体，也会分解产生吲哚、有机酸等物质，它们也带有一定的气味。
大便的气味由是由于含有的吲哚、粪臭素、碳化氢、胺、乙酸、丁酸等，排泄这种粪便，主要是由于食物中的蛋含量过高，导致大便味道太臭。而蛋白、粗纤维等食物成分的消化，需要借助肠道菌群的作用，人体不少营养物质的吸收和合成都需要微生物的参与，它们可以协助把一些颗粒较大难以吸收的物质分散成小分子物质，也可以协助人体合成吸维生素，烟酸、泛酸等，还能利用蛋白质残渣合成必需氨基酸，并参与糖类和蛋白质的代谢，同时还能促进铁、镁、锌等矿物元素的吸收。
在人的演化历程中它们和人类形成了特殊的共生关系，甚至可以靠着生存竞争避免有害的杂菌侵害人体。人体和它们形成的这种关系是因为人的饮食，消化道相对来说是处于体外的器官，是从嘴巴到肛门的冠状器官系统，是和外界环境直接接触的，所以无可避免引入微生物。
总之，人的粪便是臭的，主要是由于人的消化吸收的过程，而这个过程即和肠道菌群有关，也和人体的消化液等有关，是复杂的生理生化过程，至今也还有一些生理过程不甚明了。
大便气味的主要成分是吲哚、粪臭素、硫化氢、胺、乙酸、丁酸。其中吲哚和粪臭素是产生恶臭的根源，这是蛋白质被肠内坏细菌分解所形成的物质，换句话说，如果摄取大量的高蛋白质，大便就会变得很臭。如果排出的大便充满恶臭的话，说明肠内的腐败已经很严重，这必然严重影响我们的健康。
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