南京医科大学的第一第二第三临床医学院区别为：占地面积不同、师资力量不同、创办时间不同。
一、占地面积不同
1、第一临床医学院：第一临床医学院占地面积246亩，建筑面积41万平方米。
2、第二临床医学院：第二临床医学院占地面积184亩，建筑面积32万平方米。
3、第三临床医学院：第三临床医学院占地面积9.8万平方米，建筑面积16.9万平方米。
二、师资力量不同
1、第一临床医学院：第一临床医学院有49个教研室，临床教师940人，其中教授、主任医师208人，副教授、副主任医师236人。
2、第二临床医学院：第二临床医学院有58个临床教研室，专业技术人员为1323人。其中有高级专业技术职务人员181名，博士学位人员83名，硕士学位人员159名，医疗系列硕士学历以上人员占75%。
3、第三临床医学院：第三临床医学院有教研室38个，博士生导师162人，硕士生导师147人，教授127人，副教授163人。
三、创办时间不同
1、第一临床医学院：第一临床医学院的创办时间为1936年。
2、第二临床医学院：第二临床医学院的创办时间为2005年5月。
3、第三临床医学院：第三临床医学院的创办时间为2007年。
综合性大学医学部，2所南京大学医学部 附属医院：鼓楼医院（三级甲等）
东南大学医学院（原铁道医学院） 附属医院：中大医院（三级甲等）
专业性医科大学，2所
南京医科大学 主要附属医院：江苏省人民医院（三级甲等）、南京医科大学附属第二医院（三级乙等）、江苏省肿瘤医院、南京市口腔医院、江苏省口腔医院、南京市脑科医院、南京市第一医院（三级甲等）、南京市儿童医院（三级甲等儿童医院）、江苏省妇幼保健医院
南京中医药大学 主要附属医院：江苏省中医院（三级甲等中医院）、江苏省第二中医院、南京市中医院（三级甲等中医院）
军队院校，1所
解放军第二军医大学南京军医学院（以培养军队医疗系统高级护理人员出名）
民办本三院校，2所
南京医科大学康达学院
南京中医药大学翰林学院
中国药科大学是药学类院校，没有医学类专业。
南京的医学类学校，在全国都只能算二流，要说实力谁弱谁强，无可比性，南医大应该是综合实力最强的，医学类学科门类全，附属医院多且医疗科研实力雄厚，但是南京大学医学部恐怕在基础医学和临床医学方面也不错。
而南京中医药大学则是中医学类院校，因为是国家中医药人才培养基地和留学生基地，因此在全国的影响力反而比南京医科大学大。
总的来说，学临床医学或基础医学，最佳是南医大和南大医学部，学中医，则是中医药大学，学药学，惟有中国药科大学！
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