食用菌子实体的形态、大小、质地因种类不同而异。
（一）伞菌子实体的基本结构：以伞菌为例
伞菌子实体的形态、大小、质地因种类不同而异，但其基本结构类似。典型的伞菌子实体由菌盖、菌肉、菌褶、菌柄、菌环和菌托等组成。
（二）各部分的形态结构特点
1．菌盖：形态大小、颜色等
2．菌肉：根据子实体的结构，可以将菌肉分为3种类型（丝状菌肉、泡囊状菌肉、胶质丝状菌肉）
3．菌褶和菌管：子实层、孢子
4．菌柄：菌柄生长在菌盖下面，是子实体的支持部分，也是输送营养和水分的组织。菌柄的形状、长短、粗细、颜色、质地等因种类不同而各异。
5．菌幕、菌环和菌托
蕈菌的最大特征是形成形状、大小、颜色各异的大型肉质子实体。典型的蕈菌，其子实体是由顶部的菌盖（包括表皮、菌肉和菌褶）、中部的菌柄（常有菌环和菌托）和基部的菌丝体三部分组成。
子实体是食用菌产生有性孢子的繁殖器官，也叫担子果 （子囊菌则称子囊果）。 典型伞菌的子实体，是由菌柄、菌盖、菌等褶部分组成的。
1.菌柄 又叫菇柄或菇脚。起支持菌盖和输送养分的作用。多为圆柱形或纺锤形。大多中生于菌盖上，也有偏生或侧生的，甚至完全无柄。组成菌柄的菌丝体基本上是垂直排列。菌柄皮层由厚壁细胞紧密靠拢组成。菌柄中有的菌丝排列充实（中实）；有的只是疏松的筋质细胞（中松）；有的则无菌丝（中空）。有些伞菌如双孢蘑菇，子实体幼小时，在菌盖边缘和菌柄间有一层包膜叫内菌幕，覆盖于子实层外。当子实体长大时，菌盖展开，内菌幕与菌盖脱离，残留在菌柄中上部的环状物叫菌环。有些伞菌如草菇在菌蕾时，外面包裹一层菌膜叫外菌幕， 能随子实体长大而增厚，以后残留在菌柄基部呈状物叫菌托。菌托的有无以及大小、形状、厚薄等特性是伞菌分类的重要依据。
2菌盖 又叫菇盖、菌伞。是菌褶着生的地方。不同的食用菌，菌盖的形状也各不相同。常见的有半球形、扇形、钟形、圆锥形、漏斗形和平展形等。菌盖表面有的光滑，有的有皱纹、条纹或龟裂；有的干燥，有的湿润或粘滑；有的具绒毛、鳞片或晶粒等。菌盖的直径大小不一，通常褶菌盖直径在6 厘米以下的归为小型菌类；6—10厘米的为中型菌类；10厘米以上的为大型菌类。 菌盖由角质层（亦称覆盖层）和菌肉两部分组成。角质层是由保护菌丝组成，依次可分外皮层、盖皮及下皮层。菌肉大多数为白色，由生殖菌丝和联结菌丝组成。生殖菌丝是构成菌肉的主要菌丝类型，它比联结菌丝宽而直，能不断生长，分隔多，分隔处明显缢缩。联结菌丝生长有限，分隔少，常大量或不规则地分枝。在红菇科中，生殖菌丝由球状胞组成，埋于管状联结菌丝的基质中，常失去再生能力，所以这些菇类用组织分离难以成活。有些伞菌除生殖菌丝和联结菌丝外，还有产乳菌丝（或称分泌菌丝），内含乳汁或油滴。
3菌褶 又叫菇叶、菇鳃。位于菌盖下方。呈放射状排列的片状结构，是产生担孢子的场所。菌褶稀密、长短不等。 与两辆连接的方式有：
（l）直生（贴生）——菌褶的一端直接着生在菌柄上；
（2）延生——菌褶沿着菌柄向下着生；
（3）离生——菌褶不和菌柄接触；
（4）弯生——菌褶内端与菌柄着生处呈一凹陷。
菌褶中央是菌髓细胞，两侧是子实层。子实层是产生担子的细胞层。除木耳、猴头菌等的子实层分布在耳片和肉刺的表面外，大多数食用菌的子实层都分布在刀片状菌相的两侧。
担子菌的子实层是由无数呈栅状排列的担子和囊状体组成的。
（1）担子 是担孢子的孕育者。担子有分隔和不分隔，不分隔的担子，一般呈棒状，顶端通常具四个小梗，各生一个孢子，有的只有两个小梗和两个饱子。未成熟的担子多无小梗， 称为幼担子。但成熟菇体的子实层也有的出现幼担子，它不产生小梗和孢子。银耳类的担子具有纵隔，即纵隔为四个部分， 顶端同样生四个孢子。而黑木耳类的担子具横隔，分四节，倾斜伸出四个小梗和生有四个孢子。这类产生在担子上的孢子称为担孢子（产生在子囊内的孢了称子囊孢子）。
（2）囊状体 囊状体分布在子实层里，一般都比担子大， 为不孕细胞。大多生在菌褶两侧，也有生在菌褶边缘，后者叫缘囊体。囊状体一般单生，而缘囊体有的则丛生。囊状体的形状有棒状、瓶状、梭形、纺锤形成梨形等。囊状体的顶端有钝圆、角状、尾状、圆头状、细长或具有结晶等。囊状体的形态在分类上也是重要的依据之一。
（3）孢子 担孢子的形状有球形、卵形、椭圆形、圆柱形、肾形、多角形等。大多数食用菌的孢子表面光滑，但有的有沟、刺、麻点、小瘤及纵条纹。这些都是伞菌进行分类的重要依据。有些食用菌如草菇的担孢子，具有芽孔。单个孢子通常是透明无色的，但上万上亿个孢子成堆时（孢子印），则呈现有白色、红色、褐色、紫色、黑色等颜色。
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