防治番茄猝倒病除选用抗病品种外，应采用以苗床管理为主、药剂防治为辅的综合防治措施，主要包括：
第一，农业措施。
①采用快速育苗或穴盘育苗法育苗。育苗前注意苗盘、床架及棚室消毒，苗床土采用新土或基质。②苗床管理。看苗适时、适量放风，避免低温高湿条件出现，不要在阴雨天浇水，禁止大水漫灌。可通过表面撒施一些细潮土起到保墒作用。苗期喷施0.1%～0.2%磷酸二氢钾、0.05%～0.1%氯化钙等提高抗病力。第二，药剂防治。
①苗床消毒。每平方米苗床可选用50%多菌灵可湿性粉剂，或40%五氯硝基苯9～10克，加细土4.0～4.5千克拌匀制成药土撒施，进行预防。预防工作在播种时进行，即先在苗床上浇透底水，待水渗下后，取1/3药土撒在畦面上，把催好芽的种子播上，再把余下的2/3药土覆盖在上面，使种子夹在药土中间，持效期超过1个月。也可在苗床上喷洒72.2%霜霉威水剂400倍液，每平方米喷淋对好的药液2～3升。②发病期施药。发现病苗应及时拔除和清除邻近病土，并进行药剂防治，可选用72%三乙膦酸铝可湿性粉剂600倍液、69%锰锌·烯酰水分散粒剂800倍液，隔7～10天喷1次，视病情防治1～2次。在苗床湿度大时，可使用45%百菌清粉尘剂进行防治或撒施草木灰降低湿度。
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