发酵指人们借助微生物在有氧或无氧条件下的生命活动来制备微生物菌体本身、或者直接代谢产物或次级代谢产物的过程。
一、最终的产物不同：
2、呼吸作用的最终电子受体是无机化合物。
二、定义不同：
1、通常所说的发酵，多是指生物体对于有机物的某种分解过程。
2、呼吸作用的实质是生物体内的大分子，包括蛋白质、脂类和糖类被氧化并在氧化过程中放出能量。
扩展资料：
发酵和其他化学工业的最大区别在于它是生物体所进行的化学反应。其主要特点如下：
1、发酵过程一般来说都是在常温常压下进行的生物化学反应，反应安全，要求条件也比较简单。
2、发酵所用的原料通常以淀粉、糖蜜或其他农副产品为主，只要加入少量的有机和无机氮源就可进行反应。
3、发酵过程是通过生物体的自动调节方式来完成的，反应的专一性强，因而可以得到较为单—的代谢产物。
参考资料来源：百度百科-异化作用
参考资料来源：百度百科-发酵
呼吸作用包括有氧呼吸和无氧呼吸两大类型.有氧呼吸是在有氧气参与的条件下进行的.而无氧呼吸和发酵一般都不需要氧气参与反应,鉴于这一点无氧呼吸有时被称为发酵,在无氧条件下,生活细胞把某些有机物分解为不彻底的氧化产物,同时释放能量.这个过程用于高等植物和动物,习惯于称为无氧呼吸,用于微生物,则惯称为发酵.以上来自知网作者徐碧
呼吸作用中，电子载体不是将电子直接传递给被部分降解的中间产物，而是与呼吸链的电子传递系统相偶联，使电子沿呼吸链传递，并达到电子传递系统末端交给最终电子受体．在电子传递的过程中逐步释放出能量并合成ATP。
发酵指在无氧等外源氢受体的条件下，底物脱氢后所产生的还原力[H]未经呼吸链传递而直接交某一内源性中间代谢物接受，以实现底物水平磷酸化产能的一类生物氧化反应。
发酵是这样一种生物氧化方式：在没有外源最终电子受体的条件下，化能异养型微生物细胞对能源有机化合物的氧化与内源的（已经经过该细胞代谢的）有机化合物的还原相耦合，一般并不发生经包含细胞色素等的电子传递链上的电子传递和电子传递磷酸化，而是通过底物（激酶的底物）水平磷酸化来获得代谢能ATP；能源有机化合物释放的电子的一级电子载体NAD，以NADH的形式直接将电子交给内源的有机电子受体而再生成NAD，同时将后者还原成发酵产物（不完全氧化的产物）。（以上来自百度）
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