“mthfr基因677位纯合突变型tt”是什么意思？_备孕

这是人体内的一个SNP位点，它表示，在MTHFR基因中，在第677个核苷酸位点上，由C转变为T突变。

基本简介

基因突变（gene mutation）是由于DNA分子中发生碱基对的增添、缺失或替换，而引起的基因结构的改变，就叫做基因突变。1个基因内部可以遗传的结构的改变。又称为点突变，通常可引起一定的表型变化。广义的突变包括染色体畸变。狭义的突变专指点突变。实际上畸变和点突变的界限并不明确，特别是微细的畸变更是如此。野生型基因通过突变成为突变型基因。突变一词既指突变基因，也指具有这一突变基因的个体。

概述

基因突变通常发生在DNA复制时期，即细胞分裂间期，包括有丝分裂间期和减数第一次分裂前的间期；同时基因突变和脱氧核糖核酸的复制、DNA损伤修复、癌变和衰老都有关系，基因突变也是生物进化的重要因素之一，所以研究基因突变除了本身的理论意义以外还有广泛的生物学意义。基因突变为遗传学研究提供突变型，为育种工作提供素材，所以它还有科学研究和生产上的实际意义。

主要特性

不论是真核生物还是原核生物的突变，也不论是什么类型的突变，都具有随机性、低频性和可逆性等共同的特性。

因为从进化角度，risk allele更有可能是minor allele，自然选择。不绝对，但可以说是富集。看文章： Are minor alleles more likely to be risk alleles?

common variants together account for a small proportion of heritability estimated from family studies，common variants通常都在编码区，占总variants的很小一部分，同时effect size也比较低。

SNPs 与 SNVs，二者都是单核苷酸的改变，如果细究起来，还是有些区别的。SNPs一般是针对“群体”而言，且在群体中占据一定比例（well characterized），而SNVs一般是针对“个体”而言，发生频率非常低，不常见 (not well characterized)。

基因组拷贝数变异是基因组变异的一种形式，通常使基因组中大片段的DNA形成非正常的拷贝数量。例如人类正常染色体拷贝数是2，有些染色体区域拷贝数变成1或3，这样，该区域发生拷贝数缺失或增加，位于该区域内的基因表达量也会受到影响。如果把一条染色体分成A-B-C-D四个区域，则A-B-C-C-D/A-C-B-C-D/A-C-C-B-C-D/A-B-D分别发生了C区域的扩增及缺失，扩增的位置可以是连续扩增如A-B-C-C-D也可以是在其他位置的扩增，如A-C-B-C-D。

这种类型比较多，根据结构变异的不同类型可以进一步分为50bp以上的长片段序列的：

插入和缺失( insertion-deletion，InDel)，指的是在基因组的某个位置上所发生的小片段序列的插入或者缺失，其长度通常在50bp以下。与SNP不同的是，它并不是单个碱基的变化，而是在基因组中发生不同大小的DNA片段的插入或者缺失。它在基因组中的分布频率也是仅次于SNP，且很多都发生在基因内部甚至是外显子区域、启动子区域等重要位置。这种变异往往能够引起基因功能产生重大变化，同时InDel也是非常重要的一种基因组结构变异。

目前在很多SNP检测用在肿瘤基因检测中，这里就涉及到两个非常非常重要的概念，germline和somatic。

在肿瘤分析的软件中会大量看到这两个概念。因为不同的软件需要区分是哪种突变，例如GATK，freeabys，bcftools等只能找germline突变，而Mutec，varscan，SomaticSniper，muse，strelka只能用来找somatics突变。

突变类型：

定义：表达数量性状基因座（expression Quantitative Trait Loci,eQTL）指与单个基因 mRNA 表达量相关的 DNA 突变。eQTL 可分为 cis-eQTL 和 trans-eQTL，前者就是某个基因的 eQTL 定位到该基因所在的基因组区域，表明可能是该基因本身的差别引起的 mRNA 水平变化；后者是指某个基因的 eQTL 定位到其他基因组区域，表明其他基因的差别控制该基因 mRNA 水平的差异。

四、变异注释

我们刚刚拿到的变异只有位置，有参考基因组的碱基、突变成的碱基。而我们找基因突变的目的不是为了找看基因突变，而是为了看这个基因在蛋白的表达上有什么影响使人体患病。就是说要将其转换为生物体上的数据。比如说这个基因表达了那种蛋白，由于该基因突变导致此蛋白失活，使得该蛋白没有功能了。

1、华大基因（资本雄厚，业内名气最大，占据了无创产前的大部分市场）

2、达安基因（最早因为临床检验试剂起家，有中山大学为背书，是上市时间最早的）

3、康昕瑞基因（下属的华因康基因业内名气很大，检测设备纯自产，技术很厉害，是国家标准制定单位）

4、贝瑞和康（主攻方向是无创产前，无创产前市场占有率排名前三，创始人高扬曾任华大健康总裁）

5、博奥生物（依托于清华大学、中国医学科学院等科研机构于2000年成立，主要研制生物芯片）

6、安诺优达（总部在北京，主要业务是无创产前，无创产前市场占有率排名前三）

7、碳云智能（并不以基因检测为主业，主攻大数据方向，创始人王俊曾任华大基因CEO，融资比较多）

8、中源协和（以干细胞产业为主营业务，承接了国家级干细胞基因临床转化基地建设项目）

9、药明康德（实力雄厚，但主攻方向是药物研发、医疗器械研发等方向）

10、诺禾致源（创始人李英睿曾任华大基因副总裁，主攻大数据分析和存储）