另外，也有说法是，罗斯福当时根本不是小儿麻痹症，是被误诊的。他去世后，医生认为他实际上是遭受了格林 - 巴利综合征。这可能是历史上最有名的误诊。在瘫痪前两周，罗斯福参观了一个童子军营地。罗斯福出席这次聚会在他的诊断中发挥了重要作用，因为孩子们的聚集提供了脊髓灰质炎病毒的可能起源。罗斯福诊断医师，罗伯特·洛维特，有脊髓灰质炎领域的专业知识，可能作出了偏离的诊断。
在罗斯福去世后几十年，医生和科学家一直在努力进行小儿麻痹症的诊断。罗斯福的高龄（39）让他不太可能成为这种疾病的选择。罗斯福也经历了两条腿的瘫痪，而脊髓灰质炎病毒通常会影响身体的一侧。脊髓灰质炎病毒通常不影响到肠道，但8月9日的事件使得罗斯福没有了自己肠道的控制权。未来的总统继续经历腿上的疼痛等感觉。混杂的诊断中，罗斯福表现出了发烧，这是小儿麻痹症的主要诊断标准。在这段时间内也有格林 - 巴利综合征的临床病例，在1916年有两名士兵使用脊髓液样本诊断为这种疾病。测试中蛋白水平增加，但同时脊髓液中无白细胞增加，是格林 - 巴利综合征诊断的一个关键因素。或许当时任何罗斯福的医生对不起眼的格林 - 巴利综合征是完全陌生的。
如果一个医生做了罗斯福格林 - 巴利综合征的诊断，他的预后会偏离一点。格林巴利综合症是一种病毒感染人体，没有特定的治疗方法。这种疾病会导致细胞攻击其它细胞，导致最终耗费掉包围神经的髓鞘。格林巴利目前使用免疫球蛋白来治疗，希望人体的免疫系统会攻击这些外来蛋白，而不是自身。在罗斯福时代并没有免疫球蛋白的治疗，但是如果有，会非常昂贵。格林巴利还通过血浆置换的艰难过程来治疗。血浆交换移除血液和隔离白细胞和红细胞，然后再重新导入身体的细胞中。最很短的时间内，血浆置换降低患者的血浆体积与除去了造成攻击自身的抗体。
由于可用的治疗方法匮乏，诊断罗斯福为格林巴利综合征比诊断为小儿麻痹症并没有更多的好处。发表在2012年代医学传记杂志上的研究，对罗斯福的症状概率进行了分析，这一结果表明罗斯福可能是格林 - 巴利综合征，而不是遭受了小儿麻痹症。
在竞选总统之前，罗斯福没有掩饰他的诊断，在乔治亚建立了一个小儿麻痹症康复中心。他没有淡化他生命中的苦难角色，也没有在讲台后面隐藏他无力的双腿，或者依靠助手或儿子来帮助他站立在公共场合，抑或订购秘密的设备来弥补他坐在轮椅上的形象。作为总统，罗斯福在1937年成立了全国小儿麻痹症基金会，由小儿麻痹症受害者和罗斯福的前法律伙伴，瓦西里·奥康纳为首的一个组织。这个全国小儿麻痹症基金会后来被称为“March of Dimes”，用捐款来赞助了一些大学寻找治愈小儿麻痹症的方法，并促成了脊髓灰质炎疫苗于1952年的成功使用。关于罗斯福是否小儿麻痹症或格林巴利综合症的最后判决是不可能的，而且将一直如此。准确地诊断罗斯福是否格林 - 巴利综合征的唯一方法是测试脊髓液。无论科学家有多好奇，我们都不可能发掘我们最伟大的总统之一的躯体，以测试早已降解的蛋白质。
虽然我们永远不会真正知道，罗斯福是否小儿麻痹症，但罗斯福的遭遇引起了人类历史上对本病的重视，并避免了更多的人遭受瘫痪和死亡。这种疾病可追溯至古埃及。这个可能的误诊导致的可能是一个更好的结果。
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