1、尖锐湿疣损害和或人乳头瘤病毒尚未完全清除
尖锐湿疣的损伤和/或人乳头瘤病毒清除不彻底是导致尖锐湿疣复发的重要因素之一。有学者发现，45%的尖锐湿疣患者经治疗后，疣体自然消退或去除后，仍有人乳头瘤病毒潜伏感染，其中67%表现为复发。这表明人乳头瘤病毒并未被机体完全清除，残留的尖锐湿疣或潜伏的人乳头瘤病毒感染是尖锐湿疣复发的主要原因。笔者认为，在尖锐湿疣治疗过程中，只要每一次外治法都精心操作，特别是掌握好彻底清除人乳头瘤病毒感染的组织范围和深度，尖锐湿疣的复发会大大减少。但在临床治疗中并不是所有的都能做到这一点，这与操作者的技术水平或患者对尖锐湿疣的认识有很大关系。
变性可导致人乳头瘤病毒颗粒释放到毛乳头；②已知在艾滋病患者表皮的朗格汉斯细胞、淋巴细胞和单核细胞中均可发现HIV。这些细胞可吞噬尖锐湿疣表皮中的人乳头瘤病毒 DNA，并可从表皮迁移至真皮。③人乳头瘤病毒病毒血症导致真皮层出现人乳头瘤病毒，但用免疫学方法在血清中发现病毒的可能性极小。
2。尖锐湿疣的免疫接种
前面已经提到，在激光治疗或手术切除治疗过程中，含有人乳头瘤病毒的病变组织可能会污染其他部位，如尖锐湿疣周围或远端的皮肤黏膜的接种，就可能发生尖锐湿疣。
3。被人乳头瘤病毒污染的物品
在尖锐湿疣的感染途径中，间接感染途径已有描述，也可能成为尖锐湿疣复发的因素之一。如果患者使用的被人乳头瘤病毒污染的毛巾未经处理，可能导致再次接触后尖锐湿疣复发。贝杰龙等人还发现，内衣被人乳头瘤病毒污染也是尖锐湿疣复发的原因。
4。人乳头瘤病毒感染或尖锐湿疣的性伴侣
患者性别为伴有人乳头瘤病毒感染或尖锐湿疣未得到彻底治疗。如果患者的尖锐湿疣治愈后，再次与他发生性接触，可引起尖锐湿疣的复发。
5。人乳头瘤病毒存在于特殊的部分
一些研究发现，人乳头瘤病毒感染在一些特殊部位没有得到彻底治疗而成为人乳头瘤病毒的储存地或庇护所，如女性宫颈的人乳头瘤病毒感染和男性尿道的人乳头瘤病毒感染。还有资料显示，人乳头瘤病毒存在于男性的尿液、卵巢、子宫、子宫内膜、前列腺等部位。Rosemberg报道22%的男性亚临床人乳头瘤病毒感染发生在阴囊，因为人们很少注意到这个区域是人乳头瘤病毒的庇护所，所以阴囊可能被传播或引起
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