无痛胃镜和普通胃镜一样，不会对胃造成损伤。它与普通胃镜的唯一区别是需要全身麻醉，所以要使用麻醉药物。病人结束检查后，仍需禁食2小时左右，以免引起胃胀、消化不良等现象。无痛胃镜检查是有风险的。无痛胃镜和普通胃镜一样，在胃镜检查过程中可能会损伤胃、十二指肠粘膜，严重的会造成出血和穿孔。
在无痛胃镜检查过程中，应用丙泊酚后患者的血流动力学会受到一定程度的影响。如果过去心脑血管供血不足，可能造成一定的风险，需要进行相关的术前评估。另外，如果过去对异种蛋白过敏的人群，应用丙泊酚后可能出现过敏反应，甚至过敏性休克。由于无痛胃镜检查不需要气管插管，如果呼吸受到抑制，会出现缺氧缺血性脑病、植物状态甚至死亡。胃镜是安全检查，我们每年做几千几万例的病人，也没有看到很严重的并发症，但从理论上讲。
胃镜又可能存在一些风险，比如有可能出现像心血管方面的并发症，据说个别病人会突然出现心脏病，很可能刺激到喉咙。消化道粘膜，可能导致粘膜损伤，但这也不常见，而且在普通胃镜检查中比较常见，在无痛胃镜检查的患者中发生的情况会相对较少，因为普通胃镜检查的患者会有一些反应，如恶心、呕吐或呼吸困难，这些都有可能造成胃部损伤加重。
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无痛胃镜是需要全身麻醉的，有麻醉意外的风险。
进行胃镜检查，为了清楚的看到消化道的粘膜、必须使被检查部位很干净，即没有食物也无血块残存。
如在上午作胃镜检查，在检查前一天晚上8时以后，不进食物及饮料，禁止吸烟。前一天晚饭吃少渣易消化的食物。因为病人即使饮少量的水，也可使胃粘膜颜色发生改变，如在显著萎缩性胃炎的本色病变，饮水后胃粘膜可变为红色，使诊断出现错误。
有胃镜检查适应证但恐惧常规胃镜检查者；伴有其他疾病而病情有非常必要做胃镜检查者，如伴高血压、轻度冠心病、陈旧性心肌梗死、有癫痫病史者及小儿患者或精神病等不能合作者。
一般来说是没有什么影响的。无痛胃镜所用的药物，通常为丙泊酚，异丙酚这一类的药物，当然也有使用芬太尼或安定，主要作用是使患者处于放松状态，以利于检查，且没有什么强烈的反应，要知道，有些反应剧烈者，反而会造成不必要的损伤，比如咽部严重擦伤，食管或贲门粘膜撕裂出血等等。
刚才说的那些药，在体内代谢时间非常快，丙泊酚这一类通常两三分钟不持续给药，就能醒来，一般不会留什么后遗症，药物也不会在体内蓄积。对大脑也不会有什么影响，只是在用药后的24小时内不能从事高空作业，精细判断类工作比如驾车等，会有定向或判断障碍，易发生意外。
医生不建议年轻人做，可能是认为，胃镜没有什么大不了的，没必要做，几分钟忍一下就可以了。
实际上，无痛并不太适宜有严重心肺疾病的，比如有严重呼吸系统疾病，慢支，肺心病这一类，是不适宜做的，毕竟麻醉还是有一定风险，主要是这类药都会不同程度影响到呼吸，主要是呼吸抑制，造成缺氧。。。
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