主要区别是，科目分类不同、生境分布不同、功效作用不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、山茱萸
山茱萸，别名蜀枣、鬾实、鼠矢、鸡足、山萸肉，为山茱萸科植物山茱萸的干燥成熟果肉。属山茱萸目、山茱萸科、山茱萸属。
2、枸杞
枸杞，是茄科、枸杞属植物，是宁夏枸杞、中华枸杞等枸杞属物种的统称。属管状花目、茄科、茄族、枸杞属。
二、生境分布不同
1、山茱萸
产于山西、江苏、浙江、安徽、江西、山东、河南、湖南、四川、陕西、甘肃。生于海拔400-1500m，稀达2100m的林缘或林中。
2、枸杞
①、中华枸杞：分布于中国宁夏、新疆、青海、甘肃、内蒙古、黑龙江、吉林、辽宁、河北、山西、陕西、甘肃南部以及西南、华中、华南和华东各省区，朝鲜，日本，欧洲有栽培或逸为野生。常生于山坡、荒地、丘陵地、盐碱地、路旁及村边宅旁。
②、宁夏枸杞：由中国西北地区的野生枸杞演化的，现有的栽培品种仍可以在适宜的条件之下野生。
三、功效作用不同
1、山茱萸
具有补益肝肾，收涩固脱之功效。常用于眩晕耳鸣，腰膝酸痛，阳痿遗精，遗尿尿频，崩漏带下，大汗虚脱，内热消渴。
2、枸杞
①、枸杞子：具有养肝，滋肾，润肺等功效。
②、枸杞叶：具有补虚益精，清热明目等功效。
参考资料来源：百度百科-山茱萸
参考资料来源：百度百科-枸杞
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