甲巯咪唑比丙硫氧嘧啶效果更好，药物造成的肝功能损害也没有丙硫氧嘧啶多和严重，所以在其他时间和妊娠妇女中孕、晚孕期、哺乳期首选甲巯咪唑。
抗甲状腺药物一般在大剂量治疗1-3个月后，甲状腺功能会恢复正常，主要副作用是皮肤瘙痒、肝功能损害、白细胞减少以及ANCA相关的微血管炎，但一般副作用发生较少。
甲亢病临床称为甲状腺功能亢进症，主要吃的药物包括甲巯咪唑，以及丙硫氧嘧啶，药物特点如下：1、甲巯咪唑：药物起效平稳，对肝功能影响较小，疗效比较好，但怀孕期间不能使用甲巯咪唑；
2、丙硫氧嘧啶：起效迅速，在甲亢危象、妊娠，和哺乳期间，可以服用丙硫氧嘧啶。丙硫氧嘧啶不是对胎儿100%没有任何致畸作用，只是此方面的副作用相对较小，但疗效没有甲巯咪唑持续、稳定，对肝功能的影响也没有甲巯咪唑小。因此要根据自己的情况，选择治疗甲状腺功能亢进症，治疗甲状腺功能亢进症口服药物有共同的副作用，包括抑制骨髓造血引起白细胞下降，有一定肝功能损害，以及比较容易过敏，产生皮疹。
甲亢吃什么药效果最好：治疗甲亢的药物有硫脲类和咪唑类两类。硫脲类有甲基硫氧密啶及丙基硫氧嘧啶。咪唑类有甲巯咪唑和卡比马唑。两类药的作用机制相同，都可抑制甲状腺激素合成。
常用的药物是甲巯咪唑和丙基硫氧嘧啶，两个药的效果没有什么太大的区别，由于丙基硫氧嘧啶副反应较甲巯咪唑更多且更严重，因此临床上较为普遍应用甲巯咪唑治疗甲亢。而丙基硫氧嘧啶常用于妊娠妇女、哺乳期、甲亢危象。
无论哪一个药物治疗甲亢，治愈的比例也仅有40%到60%。复发的比例较高。药物是否能治愈甲亢跟患者年龄、碘摄入、规律服药、家族遗传等因素有关。
比如甲巯咪唑或者是丙基硫氧嘧啶等这些药物进行治疗，患者可以根据医嘱使用，而且也可以结合手术和放射性碘的方式来进行治疗
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