胃镜或结肠镜检查时，可以镜下喷洒染色剂，染色内镜可以判断，判别轻微的病变，提高早期癌的诊断。如果结合放大内镜早期癌的诊断水平，可进一步提高。
此外，应用十二指肠镜插至十二指肠降段，可以进行逆行胰胆管造影术，是胆胰疾病的重要诊断手段，并可同时进行内镜下治疗。
经内镜导入超声探头及超声内镜检查，可以了解粘膜下病变的性质，深度大小以及周围情况，并可在超声引导下进行穿刺活检。
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