中医学属于在科学的阴阳五行理论指导下、从动态整体的“天人合一”角度研究人体生理病理药理及其与自然环境关系、寻求防治疾病最有效方法的学问。正因为如此，任何一种理论，如果不具备整体观念的特色，它就不会是完全意义上的中医学，具备了整体观念若是还不具备动态的性质，那么，这种理论也就还没有完全把握到中医学的真谛。所以。尽管中医学早已意识到“整体观念”和“辨证论治”是中医理论的基本特色，但现有的中医学，除了《中医生理病理系统论》，几乎还没有人能达到这样的能全方位的突出“整体观念”和“辨证论治”特色的，既能揭示脏腑的阴阳气化规律、沟通与天地阴阳气化规律联系，又能揭示疾病的证侯规律的理论体系。 比如说中医学有从整体观念角度形成的“正气与邪气是构成疾病的基本矛盾”的概念，按理说这应该是中医确定病名的理论依据。然而，由于其几乎丧失了阴阳五行理论对其的指导作用与价值，必然就分不清“病因”与“证因”的区别与联系，意识到“病”和“证”是构成疾病的基本要素，而是把“病因”与“证因”混为一谈，甚至最后连病症这些分别处于不同逻辑范畴的概念也混淆了。如是，其所谓的辨证论治其实是一种以“证”或“症”代病的不伦不类的混血儿，这也是在西医学强势压力下，中医药学在大范围内不能真正显示自己的特色与优势的症结所在。
中医基础理论的内容十分丰富，主要包括精气神、阴阳五行、藏象经络、气血
津液、病因病机、防治原则等。
精气神和阴阳五行学说是中国古代的哲学理论。精气神学说认为，世界上 的一切都是由气构成，气运动不息，变化不止。世界是气的产物，万物的运动都 是气运动的体现，万物的变化都是气变化的结果。因此，精气神学说是世界本原 的一元论。阴阳学说认为，世界上任何事物都可以分为阴和阳两个方面。阴和 阳是相反的,但是阴阳双方中的任何一方，都不能离开对方而单独存在，所以又 是互根的。阴阳双方在事物中所占的量和比例.不断地消长变化，当阴占优势 时，事物的整体性质属阴，反之则属阳，所以阴阳是可以互相转化的。阴阳学说 认定世界上一切都可一分为二，故其是对世界本原持二元论的学说。五行学说 认为，世界是由木、火、土、金、水五类事物组成。这五类事物之间存在着相生和 相克两种关系，正由于事物间的相生和相克，才维持着宇宙中万事万物的动态平 衡，故五行学说是认识世界本原的一种多元论。这三种哲学思想,对中医影响极 大，已渗透到中医的所有领域•成为中医的哲学基础。
藏象和经络学说以研究人体五脏六腑、十二经脉、奇经八脉等的生理功能、 病理变化及其相互关系，脏腑经络与外环境的密切联系为主要内容。其中.藏象 学说在古代解剖基础上，按照脏腑的生理功能特点，分为五脏、六腑、奇恒之腑三 类。它们虽然是独立的脏器，但在机体的生命活动中.则是互相配合、相互协调， 构成脏与脏、腑与腑、脏与腑.以及脏腑与形体诸窍的一个整体。脏腑虽深藏于 体内，然其功能的盛衰却能通过经络反映在体外的一定部位，而通过对这些外部 征象的观察，则又可进一步了解脏腑活动的规律及其相互联系。故经络学说认 为，在生理情况下纵横交错分布于体内、体表的经络，是运行全身气血，联络脏 腑、肢节、筋肉、皮肤，沟通人体上下的通道。而在病理状态下，经络也成为传递 病邪、反映病变的途径。这样，经络就在诊断和治疗中被赋予了特殊重要的 意义。
气血津液学说是研究人体基本生命物质的生成、输布及其生理功能的学说。 中医认为气血津液是构成人体的基本物质.也是维持人体生命活动的基本物质。 气是不断运动的、极其细微的物质，血是循行于体内的红色液体，津液是人体一 切正常水液的总称。气血津液是人体脏腑生理活动的产物，又为脏腑经络进行 生理活动提供所必需的物质和能量，故也是脏腑经络功能活动的物质基础。
病因病机学说主要阐述各种致病因素的性质、特点、所致病证的临床表现， 以及疾病发生、发展、变化和转归的机制。中医把病因分为外感病因、内伤病因、 病理产物形成的病因和其他病因四类。外感病因是指来源于自然界，多从肌表、 口鼻侵人人体而发病者，包括风、寒、暑、湿、燥、火六种外来病邪和具苻强烈传染 性的疠气。内伤病因是指因人的情志或行为不循常度，直接伤及脏腑而致病者， 包括喜、怒、忧、思、悲、恐、惊七情和过劳、过逸、饮食失宜等。病理产物形成的病 w，是指在疾病过程中形成的病理产物，也能成为其他病的致病因素，如水湿、痰 饮、瘀血等。其他病因则包括外伤、药邪等。病机可分为基本病机和系统病机两 部分。基本病机主要指邪正盛衰、阴阳失调、气血津液失常三者,这是在任何疾 病中都会出现的最基本的病机。系统病机包括脏腑病机、经络病机、形体病机、 诸窍病机和外感热病病机，这是基本病机在人体不同部位或不同病种中的具体 表现。
防治原则是指防病和治病的基本法则。中医强调预防为主，主张“治未病”， 这对控制疾病的发生、发展具有重要意义。治疗法则主要包括治病求本、扶正祛 邪、调整阴阳，以及因人、因时、因地制宜等。
上述内容，是中医学理论体系的重要组成部分.它是来自实践、又转而指导 实践的基本理论，也是学习中医临床各科的基础。
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