1．裸子植物：
中国有裸子植物11科、42属、243种，其中药用种类有10科、27属、126种：包括13个变种、4个变型。目前，只有引进的南洋杉科中尚未见药用记载，其余各科均含药用植物。
裸子植物药用资源近80％的种属于针叶树种，其中最重要的是松科。中国有松科植物10属、113种、29变种，药用种数占40％。松属是个较大的属，含20种药用植物，主要有油松、马尾松、红松、白皮松和云南松等。本科其他属的主要药用种有冷杉、臭冷杉、油杉、落叶松、白扦、铁杉，以及中国特有的金钱松（土荆皮）和水松等。
柏科中中国有8属、29种、7变种，其中药用资源以圆柏属居多，共有10种，1变种，主要有圆柏、叉子圆柏和兴安圆柏，以及柏木、朝鲜崖柏、刺柏等。柏科的常用药材为侧柏和松花粉等。
三尖杉科中许多种都含抗癌活性物质，近年来颇受关注。中国有三尖杉科植物：属10种，均可药用，主要有三尖杉、中国粗榧、海南粗榧和台湾粗榧等。
红豆杉科中常用药材种为榧（榧子），其他可供药用的有东北红豆杉。南方红豆杉（血榧）、云南红豆杉和穗花杉等。杉科和罗汉松科中的药用种较少，主要有罗汉松、百日青、杉木、柳杉及中国珍贵的子遗植物水杉等。
裸子植物的4个非针叶类型的科中，麻黄科的药用种最多，共有11种、3变种、1变型。其中，草麻黄、中麻黄和木贼麻黄为药典收载种，属于地方习用品的有丽江麻黄、山岭麻、单子麻黄、双穗麻黄和藏麻黄等。苏铁科药用资源主要有苏铁、华南苏铁等。买麻藤科主要是买麻藤和垂子买麻藤。银杏科仅银杏1种，目前野生种只残存于浙江天目山和云南东北部等局部地段，其他地区均为栽培。
2.被子植物
中国现存被子植物共226科、2946属、约25500种，其中药用种类有213科、1957属、10027种（含1063个种以下等级）。其中双子叶植物179科、1606属、8598种；单子叶植物34科、351属、1429种。根据恩格勒系统，分科统计列出各科中我国现有的属、种数及药用属、种数。被子植物各科的药用种数相差很大，最多达778种，最少仅含1种。其中，含100种以上的有33科，50一99种的19科，10一49种的72科，10种以下的88科。在33个药用大科中，双子叶植物有27个科，即菊科、豆科、唇形科、毛茛科、蔷薇科、伞形科、玄参科、茜草科、大戟科、虎耳草科、罂粟科、杜鹃花科、蓼科、报春花科、小檗科、荨麻科、苦苣苔科、樟科、五加科、萝摩科、桔梗科、龙胆科、葡萄科、忍冬科、马鞭草科和芸香科。单子叶植物有6个科，即百合科、兰科、禾本科、莎草科、天南星科和姜科。上述33科约占药用被子植物科数的16％，但所含药用种数却占了65％。
药用植物种数接近100种的科有卫矛科（99），夹竹桃科（95）和葫芦科（92）。种数较多的科还有茄科（84）、木犀科（81）、鼠李科（77）、十字花科（77）、爵床科（71）、紫金牛科（72）、景天科（68）、茶科（66）、防己科（64）、马兜铃科（62）和紫草科（62）、堇菜科62）等。
药用大科所集中的种数主要体现在一些较大的属。被子植物中含50种以上药用资源的属有乌头属（103）、紫堇属（86）、铁线莲属（85）蓼属（81）、蒿属（72）、小檗属(70）、马先蒿属（67）、杜鹃花属（65）、悬钩子属（62）、凤毛菊属（58）、卫矛属（57）、珍珠菜属（56）、鼠尾草属（53）、龙胆属（52）和贝母属（50）。这15个属隶属于12个科，仅占各科药用总属数的3％，而所含药用种数却达30％。
药用种数接近50种的属有大戟属（49）、报春花属（48）和紫金牛属（46）。含30一49种的属有蔷薇属（44）、唐松草属（44）、忍冬属（44）、翠雀属（43）、黄芩属（43）、荚蒾属（42）、天南星属（42）、猕猴桃属（41）、柴胡属（41），委陵菜属（40）、橐吾属（37）、石斛属（36）、苔草属（35）、马兜铃属（35）、百合属（34）、沙参属（36）、党参属（34）、紫菀属（34）、香茶菜属（33）。山姜属（32）、紫珠属（31）、鸢尾属（31）、香薷属（31）、冷水花属（31）、鹅绒藤属（30）、银莲花属（30）和花椒属（30）。
药用种数在20－29种以上的有71个属，较重要的有细辛属、木兰属、五加属、紫云英属、远志属、砂仁属、当归属、蝇子草属、葱属、重楼属、栝楼属、酋草属和千金藤属等。
中国种子植物不仅种类丰富，而且有许多特有种属。据统计，中国种子植物有196个特有属，其中，被子植物有190个（裸子植物仅6个），含药用资源的有60余属，如明党参属。羌活属。川木香属。知母属、地构叶属、通脱木属、杜仲属、枳属、喜树属、珙桐属、香果树属、独叶草属和太行花属等。
由于被子植物药用种类繁多，不能一一赘述，这里仅选取常用药材比较集中的10个科为代表作一简述。
菊科是中国被子植物第一大科，含药用植物778种（包括724种，7亚种、44变种、3变型），药用的属数和种数分别占我国菊科植物的68％和33％。主要药用属除蒿属、凤毛菊属、紫菀属和橐吾属外，还有蒲公英属（26）、火绒草属（19）、兔儿风属（18），香青属（18）。千里光属（17）、艾纳香属（16）、斑鸠菊属（16）、蟹甲草属（16）、旋覆花属（15）、蓟属（15）和苦荬菜属（15）等。
菊科中商品药材较多，其中术类有白术和苍术；木香类有云木香和川木香；蒿类又可分为艾类和茵陈类，艾类中如艾、野艾蒿、蒙古蒿、阴地蒿、南艾蒿、五月艾等，茵陈类中除主要药用茵陈蒿外，同属的还有莳萝蒿、碱蒿、冷蒿、矮蒿、白莲蒿和青蒿等；蓟类的刺儿菜和刻叶刺儿菜均作小蓟用，作大蓟用的主要有蓟、野蓟。两面蓟和烟管蓟等。菊科中常用药材还有菊花、红花、旋覆花、款冬花、紫菀、漏芦、天名精、佩兰、牛蒡子，苍耳子。蒲公英和鳢肠（墨旱莲）等。此外，石胡荽。除虫菊、雪莲花、豨莶草。千里光、水飞蓟、丝毛飞帘、甜叶菊、火绒草和鬼针草等亦可供药用。
豆科是中国四个含干种以上的植物大科之一，供药用的有490种（含461种、1亚种、23变种、5变型），仅次于菊科，居第二位。豆科较大的药用属除紫云英属外，还有槐蓝属（24）、锦鸡儿属（29）、崖豆藤属（16）、棘豆属（16）、山蚂蝗属（16）、岩黄芪属（15）、胡枝子属（14）和决明属（13）等。
本科重要的药用资源有甘草，胀果甘草、光果甘草、膜荚黄芪和蒙古黄芪等；常用的有扁茎黄芪（沙苑子）、苦参、槐、补骨脂、葛、儿茶、密花豆（鸡血藤）、合欢、小决明、广金钱草、白扁豆、多序岩黄芪（红芪）和皂荚等。此外，紫荆、小花米口袋、截叶胡枝子（夜关门）。百脉根、轮叶棘豆（莪大夏）、黄花木、山野豌豆（透骨草），紫首蓿、云实、红车轴草等也是较常见的药用植物。
毛茛科的药用植物有420种（含329种、1亚种、85变种、5变型），药用种数占全科种数的58％，其中乌头属、铁线莲属、翠雀属、唐松草属、银莲花属包含了本科72％的药用种类，此外，较重要的属还有毛茛属（19）、耧斗菜属（12）和金莲花属（12）。中国有乌头属植物165种，其中药用103种，是被子植物中最大的一个药用属。该属的常用药材主要有乌头（川乌）、北乌头（草乌）、黄花乌头（关白附）、短柄乌头（雪上一枝蒿）和甘青乌头。地方和民间习用的药用种主要有铁棒锤、伏毛铁棒锤、黄草乌、瓜叶乌头和聚叶花葶乌头（活血莲）等。铁线莲属常用药材可分为两类：一类是威灵仙，主要来源种有棉团铁线莲、辣蓼铁线莲和威灵仙等；另一类是川木通，主要来源种有小木通，绣球藤和钝齿铁线莲等。本属地方习用种有柱果铁线莲、圆锥铁线莲（铜灵仙）、须蕊铁线莲和黄花铁线莲（铁线透骨草）等。黄连属的种数虽不多，但药用价值较高；本属6个种均可药用，常用的有黄连、三角叶黄连和云连，都是重要的商品药材。
毛茛科其他属的主要药用种有白头翁、升麻、阿尔泰银莲花（九节菖蒲）、侧金盏花（福寿草）、耧斗菜、翠雀、类叶升麻（绿豆升麻）、铁筷子、展枝唐松草、毛茛和金莲花等。
唇形科有436种药用植物（含355种、72变种、9变型），占本科植物种数的55％，其中比较重要的有鼠尾草属、黄芩属、香茶菜属、香薷属、青兰属、筋骨草属等，常用药材主要有丹参、黄芩、藿香、广藿香、紫苏、益母草、薄荷、毛叶地笋（泽兰）、香藿、荆芥和夏枯草等。其他常见种类有金疮小草、筋骨草、风轮菜、活血丹、夏至草、罗勒、糙苏、毛水苏、海州香薷、百里香和牛至等。中国引进的唇形科植物薰衣草和留兰香均作药用。
蔷薇科有360种药用植物（包括301种、1亚种、53变种、5变型），约占本科植物种数的43％。蔷薇屑、悬钩子属、委陵菜属及绣线菊属包括了本科47％的药用种。药用种数较多的属还有旬子属（17）、梨属（15）、山楂属（15）、樱桃属（13）和苹果属（13）等。
本科的常用药用种多为木本植物，主要有乌梅、杏、桃、郁李、皱皮木瓜、枇杷、金樱子、玫瑰及山楂等。本科草本植物中常用的有掌叶悬钩子、地榆和龙牙草等。其他属主要药用种有委陵菜、石楠、扁核木（蕤仁）、假升麻、柔毛水杨梅、火棘、李、绣球绣线菊、鸡麻和灰旬子等。
伞形科的药用植物有234种（包括197种、25变种、9变型及3个栽培种），约占本科植物种数的44％。主要药用属除柴胡属（41）和当归属（22）外，还有独活属和藁本属(13）。上述4个属的药用种数占本科药用种数的38％。
本科常用药材主要有当归、白芷、重齿毛当归（独活）、紫花前胡、辽藁本、川芎、羌活、珊瑚菜（北沙参）、明党参、新疆阿魏、白花前胡、蛇床子和茴香等。柴胡是常用大宗药材，中国共有柴胡属植物36种、17变种，其中可供药用的41种（含变种），较普遍应用的是北柴胡和狭叶柴胡。此外，地方药用的主要有银州柴胡、锥叶柴胡（陕西）、密花柴胡（新疆）、金黄柴胡（甘肃、新疆）、汶川柴胡、马尔康柴胡（四川）、膜缘柴胡（四川、西藏）、长白柴胡（东北）及云南柴胡（云南）等。我国西北地区柴胡资源较为集中，共有42种（含变种），据报道，其中可供药用的有21种。
本科主要药用植物还有芜荽、窃衣、棱子芹、峨参，野胡萝卜（南鹤虱）、羊红膻、天胡荽、鸭儿芹，毒芹、积雪草和葛缕子（藏茴香）等。
蓼科药用植物共123种（包括104种、18变种。1变型），约占本科植物种数的53％。本科约92％的药用种类都包含在下面3个属中。
蓼属（广义属），中国有120种，其中药用81种，常用药材有何首乌、拳参、红蓼（水红花子）、蓝蓼（蓼大青）、扁蓄和虎杖等。民间习用的有赤胫散、火炭母、杠板归、分叉蓼、支柱蓼和水蓼等。
大黄属，中国约有40种，据报道，药用的有18种、2变种。《中国中药资源志要》收载了14种（含1变种）。目前本属比较重要的是掌叶组大黄，主要有掌叶大黄、药用大黄及唐古特大黄。同属其他药用种都作为土大黄或山大黄入药，主要有华北大黄、河套大黄和波叶大黄等。大黄是一味世界性药物，现已被近20个国家的药典收载。中国大黄的产量和质量均居世界第一位，应特别提及的是，藏药擅长用大黄，不仅种数多，而且颇为讲究。
酸模属供药用的有16种，多为民间习用药，常见的有酸模。皱叶酸模。巴天酸模（牛西西）和尼泊尔酸模（羊蹄）等。
本科其他属主要药用种有荞麦、短毛金线草、肾叶山蓼。沙拐枣及栽培品种竹节蓼等。
五加科中药用植物有112种（包括88种。23变种、1变型），约占本科植物种数的65％，主要药用属有五加属、楤木属（20）、鹅掌柴属（17）及人参属（10）等。特别是五加属和人参属中，有许多种重要的商品药材。五加属主要药用种有五加、无梗五加、刺五加、三叶五加（白簕）和红毛五加等。人参属植物基本上都可药用，最重要的是人参和三七，同属中主要药用植物还有竹节参、珠子参和参三七等。西洋参原产北美，中国现已引种成功，并形成一定的商品生产能力。
本科其他主要药用种有楤木、辽东楤木、食用土当归、柔毛九眼独活、通脱木（通草）、鹅掌柴、刺楸、东北刺参、掌叶梁王茶、常春藤、树参、罗伞、短梗大参和刺通草等。
百合科是单子叶植物药用种类最多的科，有358种（包括301种。37变种、20个栽培种）。本科46个药用属中贝母属、百合属和黄精属包括了1/3的药用种。此外，含10种以上药用属还有葱属（28）、重楼属、菝葜属（21）、天冬属（18）、沿阶草属（16）、蜘蛛抱蛋属（13）、藜芦属（12）、萱草属（10）和鹿药属（10）等。
本科常用药材有浙贝母、川贝母、暗紫贝母、平贝母、伊贝母及百合、山丹、黄精、玉竹、天冬、知母、华重楼、麦冬、土菝葜（土茯苓）、藜芦、萱草、小根蒜（薤白）和老鸦瓣（光慈菇）等。其他属主要药用种类有铃兰，绵枣儿、鹿药、吉祥草、岩菖蒲，粉条儿菜（小肺筋草）、玉簪、万年青、蜘蛛抱蛋、油点草及栽培种芦荟和石刁柏等。
兰科虽是中国被子植物第二大科，但药用种数并不甚多，仅约占本科植物种数的28％。主要药用属有石斛属、虾脊兰属（19）、羊耳蒜属（14）、玉风花属（15）、杓兰属（13）和石豆兰属（11）等。
石斛是兰科中的主要药材，常用的种类有金钗石斛（石斛）、铁皮石斛（黑节草）、黄草石斛（束花石斛）及环草石斛（美花石斛）等。此外，常用的药材还有天麻和白及等。
本科其他药用种，如手掌参、羊耳蒜、绶草、广布红门兰、虾脊兰，杜鹃兰（山慈菇）、伏生石豆兰。角盘兰、石仙桃、大花杓兰、小斑叶兰、贝母兰和长距玉凤花等，多为民间习惯用药。
被子植物中，药用种数不足10种的有88科，其中有27科仅各含1种药用种。这些科有的是单种科，有的是寡种科。主要药用植物有杜仲、马尾树、连香树、伯乐树、猪笼草、红木、番木瓜、珙桐、锁阳、田葱、大血藤、旱金莲、苦槛蓝、透骨草等。
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