番茄苗期猝倒病，用甲霜锰锌或烯酰锰锌或代森锰锌或霜脲锰锌或乙膦铝锰锌等进行防治，每7~10天叶面喷洒一次，连续喷洒2~3次，即可控制发病，并使患病植株恢复正常生长。加入磷酸二氢钾和天然芸苔素同喷，防治效果更佳。
防治番茄猝倒病除选用抗病品种外，应采用以苗床管理为主、药剂防治为辅的综合防治措施，主要包括：
第一，农业措施。
①采用快速育苗或穴盘育苗法育苗。育苗前注意苗盘、床架及棚室消毒，苗床土采用新土或基质。②苗床管理。看苗适时、适量放风，避免低温高湿条件出现，不要在阴雨天浇水，禁止大水漫灌。可通过表面撒施一些细潮土起到保墒作用。苗期喷施0.1%～0.2%磷酸二氢钾、0.05%～0.1%氯化钙等提高抗病力。第二，药剂防治。
①苗床消毒。每平方米苗床可选用50%多菌灵可湿性粉剂，或40%五氯硝基苯9～10克，加细土4.0～4.5千克拌匀制成药土撒施，进行预防。预防工作在播种时进行，即先在苗床上浇透底水，待水渗下后，取1/3药土撒在畦面上，把催好芽的种子播上，再把余下的2/3药土覆盖在上面，使种子夹在药土中间，持效期超过1个月。也可在苗床上喷洒72.2%霜霉威水剂400倍液，每平方米喷淋对好的药液2～3升。②发病期施药。发现病苗应及时拔除和清除邻近病土，并进行药剂防治，可选用72%三乙膦酸铝可湿性粉剂600倍液、69%锰锌·烯酰水分散粒剂800倍液，隔7～10天喷1次，视病情防治1～2次。在苗床湿度大时，可使用45%百菌清粉尘剂进行防治或撒施草木灰降低湿度。
