因为肠炎分为急性肠炎和慢性肠炎，急性肠炎主要是因为患者进食了被病毒或者细菌污染的不洁食物之后出现的急性肠道炎症，可以做血常规检查，血常规显示白细胞、中性粒细胞升高的，就是细菌性的急性肠炎，可以选择头孢或左氧氟沙星治疗。如果血常规显示白细胞、中性粒细胞正常，就是病毒感染引起，可以选择益生菌、蒙脱石散或者是黄连素等对症治疗。慢性肠炎主要包括肠结核，溃疡性结肠炎，克罗恩病等。肠结核需要进行抗结核药物治疗，疗程需要半年到9个月，溃疡性结肠炎和克罗恩病常选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等治疗，疗程需要两年以上，有些患者需要终身维持治疗。
治疗肠炎的药主要有如下几种：1、如细菌性痢疾，一般可选用复方磺胺甲基异咗（复方新诺明）、吡哌酸、庆大霉素、丁胺卡那霉素等。空肠弯曲菌肠炎可用红霉素、庆大霉素、氯霉素等治疗。
2、沙门氏菌肠炎轻型病人可不用抗菌药，重型病人可用氯霉素或复方磺胺甲基异唑。
3、侵袭性大肠杆菌性肠炎用新霉素、粘菌素和庆大霉素等治疗，可获良好效果。
4、阿米巴痢疾、雅尔氏鞭毛虫和滴虫引起的肠炎，可用甲硝哒唑（灭滴灵）治疗。血吸虫病可用吡喹酮治疗。白色念珠菌肠炎以制霉菌素口服，疗效较好。
5、口服补液，WHO推荐的口服液配方为氯化钠，碳酸氢钠，氯化钾,葡萄糖或蔗糖,加水。减少肠道蠕动和分泌性药物可小量应用阿托品、颠茄、普鲁本辛以减轻肠道蠕动，可止痛及止泻。
最后，无锡胃肠病专家刘继文建议：患者不要自己进行盲目用药治疗，应在专业的医生指导下进行用药治疗。
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