乙肝疫苗的接种部位一般是在三角肌部位，在上臂，距肩峯嵴5cm的三角肌中间区，也有臀部肌注疫苗的情况。但是近年来，有国外研究机构发现，在上臂三角肌接种者的抗体滴度(在接种后8～12个月)比臀部接种者高17倍，而臀部采用2.54cm(1英寸)针头则不一定能将疫苗注入肌肉，因此现在成人都普遍在三角肌部位接种乙肝疫苗，而婴儿和新生儿则可在腿前外侧肌肉接种。
乙型肝炎疫苗全程接种共3 针，按照0、1、6 个月程序，即接种第1 针疫苗后，间隔1 及6 个月注射第2 及第3 针疫苗。新生儿接种乙型肝炎疫苗越早越好，要求在出生后24 h 内接种。新生儿的接种部位为大腿前部外侧肌肉内，儿童和成人为上臂三角肌中部肌肉内注射。单用乙型肝炎疫苗阻断母婴传播的保护率为87.8%。 （1）如果新生儿的父母均没有乙肝，该新生儿在出生后应尽快(24小时内)给予基因工程乙肝疫苗1支肌肉注射，注射部位新生儿为大腿前部外侧肌肉1个月后，再打1支，6个月后再打1支，一共3针，此方案称为0、1、6方案；儿童和成人打疫苗前需先进行化验，如果乙肝三系统检查均为阴性，转氨酶正常，可以按0、1、6方案进行乙肝疫苗接种（成人一般剂量加倍）。免疫成功率为90%以上，免疫成功的标志是乙肝表面抗体转为阳性，保护时间一般至少可持续12年，接种者可定期复查乙肝三系统，只要表面抗体依然存在，证明免疫能力依旧。 （
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