北京市昌平区医院为昌平区区域医疗中心，首都医科大学临床教学医院，承担着全区居民和辖区内驻京、驻军、各大中专院校、科研院所等各级各类人员的诊疗工作，以及各类突发灾害事故和各种大型政治经济会议、体育赛事的医疗保障救治任务。
北京协和医院－综合第1解放军总医院（301医院）－北京最好的综合医院（全国排名综合第4
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北京天坛医院－北京最好的综合医院（排名综合第6）
妇产科
北京协和医院－最好的妇产科医院（全国妇产第1）
北京妇产医院－北京最好的妇产科医院（全国妇产科第3）
儿科
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骨科
北京积水潭医院（全国骨科第1）
解放军总医院301医院）－北京最好的骨科医院
（全国骨科第2）
北京大学第三医院－北京最好的骨科医院（全国骨科第4）
北京大学人民医院－北京最好的骨科医院（全国骨科第7）
呼吸内科
北京协和医院－北京最好的综合医院
（全国第呼吸内科第3）
北京朝阳医院－北京最好的呼吸内科医院（全国呼吸内科第5）
北京东直门医院－北京最好的呼吸内科医院
（全国呼吸内科第9）
消化内科
北京协和医院－北京最好的消化内科医院（全国消化内科第3）
北京军区总医院北京最好的消化内科医院（全国消化内科第4
）
北京地坛医院－北京最好的消化内科医院（全国消化内科第10）
神经内科
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（全国神经内科第4）
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心血管内科
阜外心血管病医院－北京最好的心血管内科医院（全国心血管第1）
北京安贞医院－北京最好的心血管病医院（全国心血管第2）
北京协和医院－北京最好的心血管内科医院（全国心血管第3）
内分泌科
北京协和医院－北京最好的内分泌科医院（全国内分泌第1）
北京中医药大学东方医院－北京最好的内分泌医院（全国内分泌科第9）
口腔科
北京大学口腔医院－北京最好的口腔医院（全国口腔科第2）
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眼科
北京同仁医院－北京最好的眼科医院
（全国眼科第1）
北京协和医院－北京最好的眼科医院
（全国眼科第2）
解放军总医院（301医院）－北京最好的眼科医院（全国眼科第8）
北京大学人民医院－北京最好的眼科医院（全国眼科第10）
耳鼻喉科
北京同仁医院－北京最好的耳鼻喉医院
（全国耳鼻喉第1）
北京协和医院－北京最好的耳鼻喉医院
（全国耳鼻喉科第2）
解放军总医院（301医院）－北京最好的耳鼻喉医院
（全国排名耳鼻喉第3）
海军总医院－北京最好的耳鼻喉医院（全国耳鼻喉第7）
神经外科
北京天坛医院－北京最好的神经外科医院（全国神经外科第1）
北京大学航天中心医院－北京最好的神经外科医院（全国神经外科第8）
肿瘤科
中国医学科学院肿瘤医院－北京最好的肿瘤科医院（全国肿瘤科第2）
北京肿瘤医院（全国肿瘤第6）
烧伤科
北京积水潭医院－最好的烧伤医院（全国烧伤科第1）
北京解放军304医院－北京最好的烧伤科医院（全国烧伤科第3）
北京朝阳医院－北京最好的呼吸内科医院（全国呼吸内科第50）
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