中山大学附属第一医院 综合实力最强，病理科、耳鼻喉科、妇产科、内分泌科、普通外科、神经内科、肾脏病科、消化病科、康复医学、超声医学、重症医学、临床药学、生殖医学、变态反应科等14个专科排名全国前列，是综合性区域医疗中心。其他著名三甲医院也有一流的特色学科群，如 广州医科大学附属第一医院 的呼吸科、胸外科、变态反应科，广东省人民医院 的心血管病科、心外科、放射科、老年医学、神经外科、急诊医学、眼科，中山大学孙逸仙纪念医院泌尿外科、乳腺外科，中山大学附属第三医院 的风湿免疫科、肝脏病科、儿童发育行为科，中山大学肿瘤防治中心的肿瘤科、胸外科，中山大学附属口腔医院（光华口腔医院） 的口腔医学学科群，中山大学中山眼科中心的眼科，南方医科大学南方医院 的病理科、传染感染科、肾脏病科、消化病科、整形外科、血液科等，广州市妇女儿童医疗中心的小儿内科、小儿外科等。
国家医学中心&国家区域医疗中心
国家呼吸医学中心：
广州医科大学附属第一医院
国家综合类区域医疗中心：
中山大学附属第一医院
国家专科类区域医疗中心：
南方医科大学南方医院（国家创伤区域医疗中心）
广东省人民医院（国家心血管区域医疗中心）
中山大学附属第三医院（国家神经区域医疗中心）
中山大学肿瘤防治中心（国家肿瘤区域医疗中心）
中山大学附属口腔医院（国家口腔区域医疗中心）
广州市妇女儿童医疗中心（国家儿童区域医疗中心）
国家区域中医（专科）诊疗中心建设项目：
广东省中医院（肺病科、急诊科、脑病科、皮肤科、肾病科、外科）；
广州中医药大学第一附属医院（妇科、内分泌科、脾胃病科、心血管科、针灸科、肿瘤科）
广东省第二中医院（康复科）；
广东省人民医院（老年病科）；
南方医科大学南方医院（风湿病科）；
遴选进入广东省高水平医院第一、二批建设的广州市医院有：
中山大学附属第一医院、
南方医科大学南方医院、
广东省人民医院、
广州医科大学附属第一医院、
广东省中医院、
中山大学孙逸仙纪念医院、
中山大学附属第三医院、
中山大学中山眼科中心、
中山大学肿瘤防治中心、
中山大学附属口腔医院、
广州中医药大学第一附属医院、
广州市第一人民医院、
广州市妇女儿童医疗中心。
如果按照复旦大学医院管理研究所版本的全国医院排行榜，则综合三甲医院（不含中医院）排名全国前100的医院有：
全国排名 医院名称
6 中山大学附属第一医院
20 南方医科大学南方医院
30 中山大学肿瘤防治中心
31 广东省人民医院
33 广州医科大学附属第一医院
48 中山大学孙逸仙纪念医院
53 中山大学附属第三医院
59 中山大学中山眼科中心
63 广州市妇女儿童医疗中心
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