1）预防过敏：乳清蛋白的主要组分为β－乳球蛋白（β－LG）和α－乳清蛋白（α－LA），约占乳清蛋白总量的70％～80％，其中β－乳球蛋白、αS1-酪蛋白等是婴幼儿牛乳过敏症的主要致敏因子。通过对乳清蛋白的酶解改性，而得到的水解短肽对其免疫系统有促进作用，能够有效降低或消除其致敏性，从而减少过敏性疾病的发生。
2）更易消化吸收：在婴幼儿配方奶粉中添加部分适度水解的乳清蛋白，除了考虑到水解乳清蛋白具有低抗原性，可预防过敏反应外，更主要的是考虑到乳清蛋白短肽可以直接被肠道吸收，具有较高的消化吸收率。这样，不仅能使奶粉在蛋白质组成上更接近母乳的比例，还能使未经消化的蛋白质含量降到婴儿肠道所能负担的水平。
3）其他营养价值：水解乳清蛋白其中某些肽段具有较强的免疫调节作用和抗菌作用。同时，乳清蛋白酶解物本身也是肠道微生物极具价值的营养源，尤其对乳酸链球菌、双歧杆菌等益生菌的生长有明显的促进作用。
同乳清蛋白相比，水解乳清蛋白不仅溶解性好，消化吸收率高，耐酸、耐热，同样也具有多种生理调节功能。目前添加水解蛋白的品牌很多，比如海普诺凯1897荷致、蓝河姆阿普、高培臻爱、君乐宝优萃、旗帜帜亲等。由于不同品牌添加的水解蛋白含量并无具体标注，生产企业采用的工艺也有区别，所以具体的效果是有差异的。同样的，这种以帮助消化吸收为出发点而添加水解蛋白的奶粉，并不属于特殊医学用途配方奶粉，如果是过敏的宝宝应在医生指导下选择特配粉。
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