可有食欲不振、口腔异味、恶心、呕吐等反应，少数有腹泻，此外可偶见头痛、头晕、失眠、抑郁、皮疹、荨麻疹、白细胞减少。少数病例有膀胱炎、排尿困难、肢体麻木及感觉异常，停药后可迅速恢复。长期应用可引起念珠菌感染。
【禁忌证】
本品在动物实验中有致突变作用，哺乳期妇女及妊娠3个月以内的妇女。中枢神经疾病和血液病患者禁用；肝功能不全者慎用；出现运动失调及其他中枢神经症状时应停药。服药期间应一日更换内裤，注意洗涤用具的消毒，防止重复感染。对某些细菌有诱变性，但一般认为对人的致癌、致畸的危险很小。
【药物相互作用】
本品是乙醇脱氢酶抑制剂，治疗期间戒酒，否则可能产生双硫醒样反应，与土霉素合用可干扰本品清除阴道滴虫的作用。本品可抑制华法令的代谢，增强其抗凝血作用，合用时应注意。
甲硝唑主要用于治疗肠道和肠外阿米巴病（如阿米巴肝脓肿、胸膜阿米巴病等）。还可用于治疗阴道滴虫病、小袋虫病和皮肤利什曼病、麦地那龙线虫感染等，：目前还广泛用于厌氧菌感染的治疗。（厌氧菌：就是所谓不需要氧气就能成活的菌群．）：副作用：15-30%病例出现不良反应，以消化道反应最为常见，包括恶心、呕吐、食欲不振、腹部绞痛，一般不影响治疗；神经系统症状有头痛、眩晕，偶有感觉异常、肢体麻木、共济失调、多发性神经炎等，大剂量可致抽搐。少数病例发生荨麻疹、潮红、瘙痒、膀胱炎、排尿困难、口中金属味及白细胞减少等，均属可逆性，停药后自行恢复．
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