1、阴茎发育与遗传因素。阴茎与身体其它器官一样，其大小及形态特点要受遗传基因的控制与影响。
2、阴茎发育与营养状况。一般来说，成年男性体格健壮，身材高大，其外生殖器包括阴茎、阴囊的发育也较好，阴茎可能较为粗大，反之则可能小一些，但是值得指出的是，阴茎的大小不会与身高成正比例，常可以见到一些身高不足1.60米的男性，
其阴茎勃起时可以达到18厘米以上。
3、阴茎发育与肥胖也有一些关系，一些小腹部、耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性，往往阴茎的发育欠佳，比起正常男性的阴茎会相对短小。的确，与肥大的身体相比，这种短小的阴茎在婚后可能会给性生活带来一定的困难和不理想。
4、阴茎发育与其它方面也有关系，如内分泌紊乱，男性激素水平不足，阴睾或阴囊肿胀产生的阴茎回缩等，都可能造成阴茎短小。
阴茎短小的病因有哪些？主要有1.促性腺激素分泌不足导致的性腺机能减退由于下丘脑垂体的功能异常导致促性腺激素分泌异常，从而导致睾丸分泌的睾酮水平低下，影响了阴茎的正常发育，如卡尔曼综合征
、脑发育异常等。
2.促性腺激素分泌过多导致的性腺机能减退这类患者的下丘脑及垂体分泌功能均正常，但睾丸对促性腺激素反应异常，导致分泌睾酮功能减弱，包括睾丸缺如、睾丸下降不全等。
3.睾酮减少可通过负反馈机制使促性腺激素分泌过多，如部分Klinefelter综合征患者，但多数Klinefelter综合征患者的阴茎发育是正常的。
4.原发性小阴茎这部分患者下丘脑-垂体-性腺轴激素分泌均正常，部分患者到了青春期阴茎可以增长。病因尚不清楚，可能是一过性睾酮分泌下降等原因，也有少部分患者可能由于雄激素受体异常引起。
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