在淀粉跟碘生成的包合物中，每个碘分子跟6个葡萄糖单元配合，淀粉链以直径0.13 pm绕成螺旋状，碘分子处在螺旋的轴心部位。
淀粉跟碘生成的包合物的颜色，跟淀粉的聚合度或相对分子质量有关。在一定的聚合度或相对分子质量范围内，随聚合度或相对分子质量的增加，包合物的颜色的变化由无色、橙色、淡红、紫色到蓝色。例如，直链淀粉的聚合度是200～980或相对分子质量范围是32 000～160 000时，包合物的颜色是蓝色。分支很多的支链淀粉，在支链上的直链平均聚合度20～28，这样形成的包合物是紫色的。糊精的聚合度更低，显棕红色、红色、淡红色等。下表就是淀粉的聚合度和生成碘包合物的颜色。
包合物是一种特殊类型的化合物。由分子被包在晶体结构的空腔或大分子固有的空腔中形成。各组分间按一定的比例结合，但不是靠化学键力而是靠组分间紧密吻合，使较小的分子不致脱离。分子的几何形状是决定因素。分为三类：结晶包合物结晶包合物，化合物被包在分子晶体的空腔中，如直链烃被包在尿素晶体结构中形成的管道状包合物，可用以分离不同大小的烃；
分子包合物分子包合物，包在较大的有孔穴的环状分子中，如淀粉的降解物环糊精呈现出大环形的分子排列，可与烃、碘、卤代烷、芳烃等形成包合物；
大分子包合物大分子包合物，分子筛、蛋白质的吸附化合物和蓝色的淀粉-碘化合物等属此类。聚乙烯醇的蓝色碘包合物在伸张状态中呈现出强烈的二色性，工业上用以制造(光)偏振片和护目镜。分子筛在工业上广泛用于分离烃类和石油裂解。大分子包合物在生物体内可能起重要作用。
常见的包合物有氢醌和惰性气体元素的加合物，尿素和烷烃的加合物，硫脲和烃的加合物，冠醚类复合物。
其结构中含有两种结构单位，即包合物是由两种化合物组成的：一种是能将其他化合物囚禁在它的结构骨架空穴里的化合物，称为包合剂或主体分子；另一种是被囚禁在包合剂结构的空穴或孔道中的化合物，称为被包合剂或客体分子。客体分子的大小受包合剂空穴的几何尺寸及形状的限制。包合物的组成（包合剂与被包合剂的比例）由骨架中可资利用的空隙数决定。20世纪40年代H.M.鲍威尔利用X射线衍射法弄清了包合物中主体分子与客体分子之间通常不形成强的化学键，包合物中主、客体分子原有的化学性质不变，大多数包合物中主体分子与客体分子之间以范德瓦耳斯力或氢键相结合。
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