最常见的益生菌包括：
乳杆菌
在日常生活中，我们所食用的酸奶与一些发酵食品中都富含乳杆菌。有的乳杆菌菌株有助于缓解腹泻、乳糖不消化症状。
双歧杆菌
双歧杆菌有助于缓解肠易激综合症(IBS)的症状。一些乳制品也含有这种益生菌。
布拉氏酵母菌
正如其名，布拉氏酵母菌属于一种酵母菌。该益生菌有助于缓解腹泻以及其他消化问题。
益生菌有助于调节肠道内菌群平衡，让身体保持一种健康的状态，比如，服用抗生素之后，体内益生菌会流失，这时，医生可能会建议您补充益生菌以达到一种平衡状态。因此，要按照医生建议，选择合适的益生菌。
益生菌有助于消除幽门螺杆菌感染，幽门螺杆菌是导致溃疡和胃癌的主要因素之一。还可用来治疗肠易激综合症的（IBS：一种常见的消化系统疾病），缓解胀气、腹胀、便秘、腹泻等症状。但目前关于此类研究并没有得出统一结论。除此之外，益生菌可用于治理炎症性肠病，比如溃疡性结肠炎。但其效果需要更多的研究进一步证实。
大量服用抗生素，可能会杀死肠道内的益生菌，造成肠道内菌群失衡、有害细菌得以繁衍，因此，长期服用抗生素会导致腹泻，有证据表明，益生菌补充剂有助于治疗此类腹泻。
食品级的益生菌有酪酸梭菌、乳酸菌、双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、酵母菌等。
1、酪酸梭菌：酪酸梭菌又称酪酸梭状芽孢杆菌、酪酸杆菌、酪酸菌、丁酸梭状芽孢杆菌、丁酸梭菌、丁酸杆菌。丁酸菌是人的正常肠道菌之一，严格厌氧，为革兰阳性菌。
2、乳酸菌：乳酸菌是一类能利用可发酵碳水化合物产生大量乳酸的细菌的统称。这类细菌在自然界分布极为广泛，具有丰富的物种多样性，至少包含18个属，共200多种。
3、双歧杆菌：双歧杆菌是一个细菌属名。双歧杆菌属是一种革兰氏阳性、不运动、细胞呈杆状、一端有时呈分叉状、严格厌氧的细菌属，广泛存在于人和动物的消化道、阴道和口腔等生境中。
4、嗜酸乳杆菌：嗜酸乳杆菌不仅在胃中，它还是人体小肠内的主要益生菌。
5、酵母菌：酵母菌一般指酵母。酵母是基因克隆实验中常用的真核生物受体细胞，培养酵母菌和培养大肠杆菌一样方便。
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