其主要作用如下：
（1）净化池塘的水质和改善底质。微生态制剂可以在低氧或缺氧的状态下，分解水中的有机物，如氨氮、有机酸及硫化氢等有害物质，使之转化成为自身生长必需的无机盐，能够有效减少水质中的有机耗氧。因此，定期地在虾池中添加光合细菌，可以达到净化养殖水质和改善底质的作用。
（2）促进有益浮游生物的繁殖，维持池塘水质稳定。有益菌分解有机物产生的无机盐，可以促进养殖水体中单细胞藻类的繁殖，使水质维持藻相和菌相平衡，减轻环境变化对养殖生物的刺激。
（3）抑制病原性细菌的生长，防止养殖生物病害的暴发。有益菌在养殖池塘中，通过与病原菌竞争生长所需营养以及生存空间等，形成优势种群，使病原菌失去繁衍和暴发的条件，从而减少养殖生物染病的几率，达到防病治病的目的。
（4）可以作为生物饵料，促进生长。有益菌含有丰富的蛋白质、胡萝卜素、B族维生素以及抗病因子（生物活性物质、非特异性免疫调节因子）等，可使水产养殖生物体内（如肠道）、生活环境中的微生物得到菌群平衡，并能在水体中形成生物团，增加养殖水体中的饵料生物量，可以促进养殖生物健康生长。
本条内容来源于：中国农业出版社《病虫害诊断与防治》
微生态制剂可以提高畜禽的生产性能和饲料转化率，改善畜禽舍环境，减少环境污染，提高免疫力，降低死亡率。
微生态制剂使用注意事项：
（1）菌种的选择动物消化道中的微生物具有多样性和特异性，不同动物种类对菌种的要求也不同，同一菌株用于不同的动物，往往产生的效果差异较大。使用时一定要了解菌种的性能和作用，选用合适的菌种，适于单胃动物的益生素所用菌株一般为乳酸菌、芽孢杆菌、酵母等。（2）应用时间与对象动物的年龄、性别、种类也影响微生态制剂的使用效果，应用时间要早，新生畜禽使用更佳，长时间连续饲喂效果也好。将其作为一种生态调节剂用于病后的康复期，纠正菌群失调、治疗消化不良等更为实际。（3）剂量与浓度有效的活菌数是影响使用效果的关键因素之一，产品中必须含有相当数量的活菌数才能达到较好效果，但添加过量有时会适得其反，造成饲料成本上升，不同畜禽使用时应严格按照使用说明添加。（4）注意保存条件和保存时间微生态产品随着保存时间的延长，活菌数量不断减少，其失活速度因菌种和保存条件而异，在打开包装后应及时用完。（5）与抗生素和抗球虫药物的配伍由于益生菌制剂是活菌，抗生素和化学合成的抗菌剂对其有杀灭作用，一般应禁止与其敏感的抗生素药物同时使用。
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