中国南瓜种子颜色多为淡黄、白色或淡褐色。其形状扁平，千粒重125～300克，种子寿命一般5~6年。南瓜种子的大小、形状和颜色，周缘的有无，在脐部上形成的珠柄痕等性状，都是不同种鉴别时的重要依据。
相比之下，印度南瓜种子多为白色、乳白色或褐色。南瓜种子略大，千粒重可达500克以上，周缘平滑，且有不同颜色，珠柄痕倾斜。美洲南瓜种子偏平、灰白色或黄褐色，周缘与种皮相同。
南瓜类作物的种子由种皮、胚乳、胚等部分组成。子叶中贮有糊粉粒和油脂等养分。种子成熟度对发芽率有影响，由雌花授粉至种瓜采收一般需40~45天，采收后放阴凉处后熟10~15天，可提高发芽率。
南瓜子又叫南瓜籽、南瓜仁，长在南瓜以及其它葫芦科植物的内部。大多数南瓜籽都藏在一层白色或黄色的外壳里。南瓜籽本身是绿色的，形状扁平，由于含有丰富的镁、锰、磷、铁、铜、蛋白质和锌，常被当作一种健康食品。虽然南瓜籽的外壳可以吃，但是有些人觉得太硬，口感差。你可以将南瓜籽的外壳碾破，再用水煮，或者用手一颗颗地剥掉。方法一、给南瓜籽去壳
1、从南瓜里取出南瓜籽。如果你想要新鲜南瓜籽，就从超市买个南瓜，切开后直接把种子取出来。先用刀小心地在南瓜顶部绕着瓜蒂切一圈，接着把切掉的圆形瓜肉拿走。
用手或者勺子把里面的瓜籽和瓜瓤抠出来。
抠出来的除了南瓜籽还有橘色的瓜瓤。稍后，你要将粘在瓜籽上的瓜瓤洗掉。这之前，先把瓜瓤和瓜籽放在同一个碗里。
2、把取出的南瓜籽洗干净。当瓜籽全部掏出来以后，下一步就是清洗，除去瓜瓤和汁液。你可以把瓜籽和瓜瓤放在大漏勺里，然后打开厨房水槽上方的水龙头，开始冲淋。大部分瓜瓤被冲掉后就可以关水了。
有些瓜瓤很难冲掉，所以残留一些在瓜籽上也没关系。但是，你一定要把大部分的瓜瓤冲干净，这对于烤南瓜籽来说尤其重要。如果瓜瓤太多，入烤箱后就会烧焦。
3、用擀面杖碾压南瓜籽。现在开始除去南瓜籽外面那层硬硬的外壳。南瓜籽的外壳没有毒，不去掉对身体健康也没什么伤害，但是瓜籽更软，所以更受欢迎。去壳的第一步就是将南瓜籽在厨房料理台或者菜板等坚硬的平面上铺开。
尽量将南瓜籽均匀地隔开，确保相邻的瓜籽不重叠。
用根擀面杖轻轻碾压南瓜籽。所用力气要刚好让南瓜籽略微裂开。
碾的时候不要太使劲，因为内部的瓜籽比较软，容易被压烂。你只用把外壳稍稍压裂就可以了。
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