与化学农药相比，生物农药有不可比拟的优越性。第一，只对病虫害有作用，对人、畜和农作物无害，不发生或很少发生药害。这也是生物农药适用于无公害蔬菜生产的最主要原因。第二，具有明显的选择性。以印楝素为例，鳞翅目昆虫对印楝素最敏感，而鞘翅目、同翅目昆虫则对印楝素不敏感。第三，不污染环境。生物农药绝大多数都是生物合成的天然物质，在环境中容易降解，而且对天敌昆虫、鸟类等安全。第四，不易产生抗药性，长期使用也不会降低防治效果。
按照生物农药的来源，大致可以将其分成以下几类：
（1）活体微生物
例如苏云金杆菌（Bt）、白僵菌、昆虫病毒等。Bt是细菌杀虫剂的代表，害虫取食后肠道在几分钟内麻痹停止取食，使害虫饥饿和出现败血症而死亡。目前已发现对菜青虫、小菜蛾、菜螟、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等鳞翅目幼虫有不同程度的毒杀作用，值得在蔬菜上推广使用。白僵菌通过与虫体表面接触，寄生在昆虫体内，吸取害虫水分及养分，致使虫体内生理代谢障碍而死亡。它不仅对幼虫、蛹、成虫等各虫态均能侵染，而且对下一代还有持效作用，对菜青虫、甘蓝夜蛾等有较好的防治效果。
（2）微生物的代谢产物
庆大霉素、小诺霉素、新植霉素可有效地控制多种蔬菜的细菌性病害，如软腐病、细菌性角斑病、青枯病等，已经成为防治此类病害的常用药剂；阿维菌素能干扰害虫神经生理活动，导致麻痹，停食2～3天后死亡；菜喜是从放线菌代谢物提纯出来的，毒性极低，杀虫速度较快，喷药后当天即可见效，对菜青虫、小菜蛾的防治效果较好。这类农药还有井冈霉索、武夷霉素、浏阳霉素、华光霉素、农抗120等。
（3）植物的提取物
这类农药有印楝素、银果、鱼藤酮、烟碱、苦参碱、茴蒿素等。印楝素是由印楝树种子提炼出来的植物源杀虫剂，对多种不同的各龄昆虫具有拒食、忌避、胃毒、触杀和干扰生长发育的特性，对小菜蛾、甘蓝夜蛾、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等多种昆虫表现出较好的防治效果；苦参碱是从苦参中提取的杀虫活性物质，害虫一旦接触本药，神经中枢就被麻痹，促使虫体蛋白质凝固，堵塞虫体气孔，使害虫窒息而死，对蚜虫、菜青虫、螨类等有较好的防治效果。这类农药还有藜芦碱、除虫菊素、苦皮藤素、川楝素等。
（4）昆虫生长激素
常用的有灭幼脲、除虫脲、卡死克、抑太保、噻嗪酮抑食肼、米螨、虫酰肼等。这类农药通过干扰昆虫的正常生长发育，如抑制表皮几丁质合成、抑制昆虫蜕皮、促进昆虫提前蜕皮等，来杀灭害虫。
（5）昆虫性信息素
雌虫或雄虫在生育期会释放性信息来引诱异性成虫前来交配，使用人工合成的性信息素可以干扰昆虫交配，减少昆虫交配的机会，从而减少雌虫的产卵量。使用昆虫性信息素的时候，再结合设置诱捕器，如设置水盆、电网等，可以杀灭被引诱来的害虫，并能预报害虫的发生期。
有机蔬菜基地农药使用准则如下：优先采用农业措施，通过选用抗病抗虫品种，非化学药剂种子处理，培育壮苗，加强栽培管理，中耕除草，秋季深翻晒土，清洁田园，轮作倒茬、间作套种等一系列措施起到防治病虫草害的作用。
还应尽量利用灯光、色彩诱杀害虫，机械捕捉害虫，机械和人工除草等措施，防治病虫草害。特殊情况下，必须使用农药时，应遵守以下准则：
在AA级绿色食品生产资料农药类不能满足植保工作需要的情况下，允许使用以下农药及方法：
1 中等毒性以下植物源杀虫剂、杀菌剂、拒避剂和增效剂。如除虫菊素、鱼藤根、烟草水、大蒜素、苦楝、川楝、印楝、芝麻素等。
2 释放寄生性捕食性天敌动物，昆虫、捕食螨、蜘蛛及昆虫病原线虫等。
3 在害虫捕捉器中使用昆虫信息素及植物源引诱剂。
4 使用矿物油和植物油制剂。
5 使用矿物源农药中的硫制剂、铜制剂。
6 经专门机构核准，允许有限度地使用活体微生物农药，如真菌制剂、细菌制剂、病毒制剂、放线菌、拮抗菌剂、昆虫病原线虫、原虫等。
7 经专门机构核准，允许有限度地使用农用抗生素，如春雷霉素、多抗霉素（多氧霉素）、井岗霉素、农抗120、中生菌素等，浏阳霉素等。
禁止使用有机合成的化学杀虫剂、杀螨剂、杀菌剂、杀线虫剂、除草剂和植物生长调节剂。
禁止使用生物源、矿物源农药中混配有机合成农药的各种制剂。
严禁使用基因工程品种及制剂。
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