迄今为止，科学家已发现的益生菌大体上可分成三大类，其中包括：
①乳杆菌类（如嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、詹氏乳杆菌、拉曼乳杆菌等）；
②双歧杆菌类（如长双歧杆菌、短双歧杆菌、卵形双歧杆菌、嗜热双歧杆菌等）；
③革兰氏阳性球菌（如粪链球菌、乳球菌、中介链球菌等）。此外，还有一些酵母菌与酶亦可归入益生菌的范畴。
一般不需保护，少吃抗生素，不伤害它们就行。拉肚子对它们的伤害也很大，吃东西要小心，避免腹泻。
益生菌主要分为以下五类：1、酵母菌
研究发现酵母菌具有调节肠道平衡、促进饲料转化以及提高机体免疫功能等良好的益生特性，多作为饲料添加剂用于畜禽养殖。研究较多的酵母菌有酿酒酵母属、德尔布有孢圆酵母属、假丝酵母属、威克汉姆酵母属、毕赤酵母属、布拉氏酵母属、白球拟酵母属、薛瓦酵母属、深红酵母属、粟酒裂殖酵母属、鲍氏酵母属。
2、益生芽孢杆菌
是一类对机体具有益生特性的、好氧或兼性厌氧、产芽孢的杆状细菌，为革兰氏染色阳性菌。
3、丁酸梭菌
又名酪酸梭菌，是从健康人和动物肠道中分离出的一种厌氧的革兰氏阳性芽孢杆菌。目前研究发现丁酸梭菌具有维持肠道菌群平衡、增强机体免疫功能、生成营养物质、防治肠炎等良好的益生特性。
4、乳酸菌
乳酸菌指发酵糖类主要产物为乳酸的一类无芽孢、革兰氏染色阳性细菌的总称。乳酸菌是最常见的益生菌，已经被广泛应用并认为对人和动物是安全的。
5、双歧杆菌
其是人体内存在的一种生理性细菌，是人体有益菌中最值得重视和研究的一种，它与人体的健康密不可分。
食品级的益生菌有酪酸梭菌、乳酸菌、双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、酵母菌等。
1、酪酸梭菌：酪酸梭菌又称酪酸梭状芽孢杆菌、酪酸杆菌、酪酸菌、丁酸梭状芽孢杆菌、丁酸梭菌、丁酸杆菌。丁酸菌是人的正常肠道菌之一，严格厌氧，为革兰阳性菌。
2、乳酸菌：乳酸菌是一类能利用可发酵碳水化合物产生大量乳酸的细菌的统称。这类细菌在自然界分布极为广泛，具有丰富的物种多样性，至少包含18个属，共200多种。
3、双歧杆菌：双歧杆菌是一个细菌属名。双歧杆菌属是一种革兰氏阳性、不运动、细胞呈杆状、一端有时呈分叉状、严格厌氧的细菌属，广泛存在于人和动物的消化道、阴道和口腔等生境中。
4、嗜酸乳杆菌：嗜酸乳杆菌不仅在胃中，它还是人体小肠内的主要益生菌。
5、酵母菌：酵母菌一般指酵母。酵母是基因克隆实验中常用的真核生物受体细胞，培养酵母菌和培养大肠杆菌一样方便。
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