1、直接观察。对引进菌种观察包装是否合乎要求，棉塞有无松动，试管、玻璃瓶和塑料袋有无破损，棉塞和管、瓶或袋中有无病虫侵染，菌丝色泽是否正常，有无发生变化。然后在瓶塞边作深吸气，闻其是否具备特有的香味。原种和栽培种可取出小块菌丝体观察其颜色和均匀度，并用手指捏料块检验含水量是否符合标准。
2、显微镜检验。若菌丝透明，呈分枝状、有横隔、锁状联合明显，再加上具有不同品种固有的特征，则可认为是合格菌种。
3、观察菌丝长速。将供测的菌种接入新配制的试管斜面培养基上，置于最适宜的温、湿度条件下进行培养，如果菌丝生长迅速、整齐浓密、健壮有力，则表明是优良菌种，否则即是劣质菌种。
优质菌种的标准
食用菌的种类虽然繁多，但从总体上看，每一个优良菌种均有＂纯、正、壮、润、香＂的共性。其标准是：
1、菌种的纯度要高，不能有杂菌感染，也不能有其他类似的菌种。
2、菌丝色泽要纯正，多数种类的菌丝应纯白、有光泽，原种、栽培种菌丝应连结成块，无老化变色现象。
3、菌丝要粗壮，分枝多而密，接种到培养基吃料块，生长旺盛。
4、培养体要湿润，与试管（瓶）壁紧贴而不干缩，含水适宜。
5、具有每品种特有的清香味，不可有霉、腐气味。
测定的食品安全检验中细菌总数方法有显微镜直接计数法、平板计数法、光电比浊法等。一般是使用平板计数法。通过稀释不同的倍数。尽量将每一个细菌分离开，单独繁殖成一肉眼可见的菌落群。
显微镜直接计数法是将小量待测样品的悬浮液置于一种特别的具有确定面积和容积的载玻片上，于显微镜下直接计数的一种简便、快速、直观的方法。
在杏鲍菇、白灵菇生产中，只有具备优良的菌种，通过科学的培育管理，才能实现优质、高产、高效。因此菌种的优劣是事关千家万户的切身利益和菌种生产厂家信誉的大事。在现实生产中，也常发现有的菌种厂以赢利为目的，粗制滥造。加之有些菇农对菌种质量缺乏识别能力，致使在生产中减产、绝收，造成巨大的经济损失。因此严格菌种质量，加强对菌种的鉴定和识别是当前食用菌发展中的首要任务，也是最主要的技术环节和要求。菌种质量的鉴定，严格地讲，应从形态、生理、栽培和经济效益等方面进行综合检测和评价。但要完成各种指标，除了需掌握一定的基础知识和基本技术外，还需具备一定的仪器设备及人力物力和时间。因此，一般生产者是很难完成的。这里仅将几种常用、简便、易行的方法予以介绍，供生产者参考。
（1）直接观察。
对引进的母种，首先要用肉眼观察包装是否符合要求，棉塞有无松动，试管有无破损，棉塞中有无杂菌和病虫害侵染，菌丝色泽是否正常、有无老化等现象。购进或自制的原种，瓶内菌丝应粗壮整齐、分枝浓密、色浓白呈绒毛状，说明生长旺盛。如瓶底出现黄水、菌丝萎缩与瓶壁脱离，或出现原基扭结，说明菌种老化应淘汰。（2）菌种纯度检查。
杏鲍菇菌丝是纯白色的，白灵菇菌丝较杏鲍菇菌丝稍浅些。如在菌种管或菌种瓶中出现其他颜色的菌丝或孢子（绿色、黄色、黑色等），则说明菌种不纯，被杂菌污染不能使用。如果在接菌时发现菌种有异味也说明菌种被杂菌污染，不能使用。（3）吃料能力鉴定。
将母种接入最佳配方的原种培养基中，或将原种接入栽培袋中观察菌丝生长情况。经1周的培养，如果菌种块能很快萌发并迅速向四周的培养料中生长伸展，说明菌种的吃料能力强。反之，菌种块萌发后生长缓慢，迟迟不向四周和料层深处伸展，则表明菌种对培养料的适应能力差。（4）观察菌丝长势。
可先将供测的菌种接入其适宜的试管培养基上进行培养，如果菌丝生长整齐浓密、健壮有力，则表明为优良菌种。若菌丝生长缓慢或长速太快，稀疏无力，参差不齐，容易衰老，则表明菌种质劣。（5）栽培试验观察。
这是菌种质量鉴定最可靠的方法。通过一定的栽培试验，凡具备优质高产、抗杂能力强和遗传性稳定的菌株，才是优良和可推广应用的品种。
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