乳酸菌、硝化细菌（代谢类型,其中乳酸菌是厌氧微生物）；
肺炎双球菌S型、R型（遗传的物质基础）；
结核杆菌和 麻风杆菌（胞内寄生菌）；
根瘤菌、圆褐固氮菌（固氮菌）；
大肠杆菌、 枯草杆菌、土壤农杆菌（为基因工程提供运载体,也可作为基因工程的受体细胞,其中大肠杆菌是厌氧微生物）；
苏云金芽孢 杆菌（为抗虫棉提供抗虫基因）；
假单孢杆菌 （分解石油的超级细菌）；
甲基营养细 菌、谷氨酸棒状杆菌、黄色短杆菌（微生物的代谢）；
链球菌（一 般厌氧型）；
产甲烷杆菌 （严格厌氧型）等
厌氧微生物绝大多数为细菌（无线粒体），很少数是放线菌，极少数是支原体，厌氧真菌尚见于个别的报道。
大多数真菌都能进行有氧呼吸，厌氧菌大多都是细菌。酵母菌是真菌，有线粒体，在有氧环境中进行有氧呼吸，但在缺氧条件下能发酵葡萄糖生成酒精。
酵母菌（单细胞真菌）为兼性厌氧，也即有氧没氧都能生长存活。
另外许多肠道细菌，如醋酸杆菌、大肠杆菌等均属此类。
细菌是原核生物，原核生物除了核糖体以外是不具备其他成形细胞器的，也就是说没有线粒体。
真菌之所以叫真菌是因为它是真核生物，而真核生物是有完整细胞核和各种成形细胞器的，也就是说它有线粒体。
据考证，最初的生命是厌氧型的，但这些生物的厌氧呼吸的效率极低，而当时海洋中的养料并不能维持很长时间，后来叶绿素产生了．它向生命体提供养料．生命体不再依赖通过厌氧过程聚集起来但不断减少的营养素，厌氧微生物进化成需氧微生物． 对于最初的植物生命来说，氧气是它的一种废弃物，大量的氧气对它来说是有害的．是一种毒气。可以这样设想：生命存在多种形式，它们因氧气的出现而披扼杀，所以还来不及留下踪迹。这种设想是一种可能。但是，著名的厌氧微生物，即不靠氧气生活生物仍然继续存在。要想生存下去的一个办法是适应这种新的毒气。呼吸则成了废物的循环使用。
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